Мне пришло в голову, что набор данных эллипсоида изменился. Может кто-нибудь объяснить разницу между «v0» и «v1»? ShapeWorks 5.5 не работает лучше с текущим набором данных / параметрами эллипсоида. @sheryjoe @ jadie1 @ iyerkrithika21

@akenmorris "v1" - это необработанные наборы данных эллипсоидов, созданные с помощью ShapeCohortGenPackage. Он включает в себя все следующие режимы вариаций и вариант для поколений:

1. случайные радиусы
2. случайная ориентация
3. некоторые сегменты, которые касаются границ
4. рандомизированные центры
5. рандомизируйте размер изображений, чтобы включить больше фона

Я полагаю, что в старом наборе данных был только один способ изменения. @ jadie1 , поправьте меня, если я ошибаюсь насчет v0.

@ jadie1 Ранее мы договорились, что предоставим два набора данных эллипсоидов, один выровненный (аналогично v0) и один не выровненный (для демонстрации ухода). Я думаю, что v1 - последнее.

Да, эллипсоид-v1 описан в @ iyerkrithika21 , поэтому у него должно быть более одного режима изменения. ellipsoid-v0 - это исходные данные, для которых необработанная версия совпадает с необработанной.
Мы также добавили ellipsoid_aligned-v1, который был сгенерирован с использованием кода генерации когорты, как и ellipsoid-v1, но уже выровнен (центр, ориентация и размер изображения совпадают). Разница между ellipsoid-v0 и ellipsoid_aligned-v1 заключается в том, что эллипсоид-v0 имеет только один режим изменения, тогда как ellipsoid_aligned-v1 изменяется по всем радиусам.

Да, эллипсоид-v1 описан в @ iyerkrithika21 , поэтому у него должно быть более одного режима изменения. ellipsoid-v0 - это исходные данные, для которых необработанная версия совпадает с необработанной.

Почему в v1 должно быть больше режимов? Сценарий использования этих данных должен исключать режимы, связанные с несовпадением.

Мы также добавили ellipsoid_aligned-v1, который был сгенерирован с использованием кода генерации когорты, как и ellipsoid-v1, но уже выровнен (центр, ориентация и размер изображения совпадают). Разница между ellipsoid-v0 и ellipsoid_aligned-v1 заключается в том, что эллипсоид-v0 имеет только один режим изменения, тогда как ellipsoid_aligned-v1 изменяется по всем радиусам.

Это немного сбивает с толку. Нужно ли нам хранить данные двух выровненных эллиспоидов, один с одним режимом, а другой с тремя режимами? Я думаю, что у выровненного объекта должен быть только один режим (выберите один радиус для вариации), поскольку это должен быть самый простой игрушечный пример для оптимизации.

Независимо от выравнивания или количества режимов изменения, этот набор параметров показывает плохое соответствие и выборку:

Да, эллипсоид-v1 описан в @ iyerkrithika21 , поэтому у него должно быть более одного режима изменения. ellipsoid-v0 - это исходные данные, для которых необработанная версия совпадает с необработанной.

Почему в v1 должно быть больше режимов? Сценарий использования этих данных должен исключать режимы, связанные с несовпадением.

Поскольку радиус варьируется по всем трем осям, должно быть больше режимов изменения, верно?

Мы также добавили ellipsoid_aligned-v1, который был сгенерирован с использованием кода генерации когорты, как и ellipsoid-v1, но уже выровнен (центр, ориентация и размер изображения совпадают). Разница между ellipsoid-v0 и ellipsoid_aligned-v1 заключается в том, что эллипсоид-v0 имеет только один режим изменения, тогда как ellipsoid_aligned-v1 изменяется по всем радиусам.

Это немного сбивает с толку. Нужно ли нам хранить данные двух выровненных эллиспоидов, один с одним режимом, а другой с тремя режимами? Я думаю, что у выровненного объекта должен быть только один режим (выберите один радиус для вариации), поскольку это должен быть самый простой игрушечный пример для оптимизации.

Я могу удалить ellipsoid_aligned-v1 или ellipsoid-v0. У нас нет вариантов использования обоих, я просто оставил ellpsoid-v0 для пользователей, использующих более старые версии ShapeWorks. Это был исходный запрос на создание ellpsoid_aligned-v1: «Можем ли мы регенерировать v0, используя тот же код, что и v1, отключив все преобразования? Таким образом мы сохраняем согласованность и имеем как сегменты, так и хорошие сетки для тестирования как на фиксированные области, так и на плоскости разреза».

Я не уверен, почему модель плохо соответствует. Думаю, параметры нужно перенастроить? Стоит ли пробовать с новыми эллипсоидами, которые меняются только по одному радиусу?

У стрижки тоже есть проблемы:

Обратите внимание, что эллипсоид 9 даже не отцентрован с другими.

Это проблема в примере с эллипсоидом или в библиотеке изображений? @cchriste @archanasri @ jadie1 @ iyerkrithika21

Так выглядят ухоженные эллипсоиды в Windows и Linux.
Эллипсоид 9 кажется мне центрированным.

Выглядит по центру и для меня - просто снова запустил его в ветке release_v6.0

Точки соответствия мне тоже не очень нравятся, может, нужно еще сгладить? Мне кажется, что есть четыре режима изменения: первый - размер, а следующие три - радиусы в направлениях x, y и z.

@ jadie1 , @ iyerkrithika21 , я только что попробовал на другом Mac, свежая установка shape работает 6.0 RC5, устанавливается новая conda, все. Посмотрите на выравнивание образцов (не нужно даже смотреть на DT):

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

О, ха, @ jadie1 , @ iyerkrithika21 , вы должны снять флажок center в Studio, иначе они будут автоматически центрированы для вас для отображения. Пожалуйста, проверьте еще раз с отцентровкой.

Ах да, теперь я понимаю. Я только что запустил файл Getting-started-with-grooming-segmentations.ipynb, который использует те же данные, и мне кажется, что у него та же проблема, но не такая серьезная. Смотрите последнее видео здесь: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (это видео соответствует тому, что я только что запустил в ветке выпуска).

Думаю, мы могли бы пройтись по сценарию использования и блокноту строка за строкой и посмотреть, в чем разница в уходе ...

Отметьте, что преобразование расстояния в блокноте и прецеденте имеет одну и ту же проблему центра / выравнивания. Преобразования расстояния от ноутбука просто более плавные.
@akenmorris вы думаете, что нецентрированность может происходить просто потому, что существует огромное количество вариаций в наборе данных (размер, ориентация, радиусы и т. д.)?

Они согласовываются с ICP?

Да, ссылка ellipsoid_14

Как вы думаете, в итоге эллипсоид 9 выравнивается только по одной стороне?

Я не знаю, как нам с этим справиться. После ДЦП следует применять центр масс?

@sheryjoe есть мысли? Кажется неправильным фиксировать этот перевод как часть модели формы.

@akenmorris какой перевод? Я не вижу этого на видео. Вы QC выровняли шаг центра масс? Кроме того, в некоторых случаях может иметь значение количество итераций ICP.

Эллипсоиды не центрированы, поэтому модель формы обязательно фиксирует перемещение.

Эллипсоиды не центрированы, поэтому модель формы обязательно фиксирует перемещение.

COM должен их центрировать.

COM должен их центрировать.

Я согласен, но ICP децентрирует их, чтобы они соответствовали одной стороне?

COM должен их центрировать.

Я согласен, но ICP децентрирует их, чтобы они соответствовали одной стороне?

Влияние ICP должно быть минимальным по сравнению с переводом после COM, если ссылка на самом деле не является срединной формой.

Какой здесь статус? Кто-нибудь над этим работает? Я думаю, что есть две отдельные проблемы: уход и параметры оптимизации.

@ jadie1 @ iyerkrithika21 есть обновления?

Когда я обработал сегменты в Studio, DT выглядели так:

Таким образом, похоже, что ICP может вызывать некоторые проблемы при уходе.

Верный. Эллипсоид 9 центрируется перед:

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

И после этого децентрализуется:

@akenmorris, когда я пытаюсь оптимизировать эллипсоиды в Studio без ICP, я получаю это сообщение.

Я пробовал 3 разных уровня заполнения - 10,30,50. Но ничего из этого не помогло.
А также в случае использования python я попытался пропустить этап жесткого выравнивания и получил эту ошибку ограничивающего прямоугольника.

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

Эта ошибка не имеет смысла, потому что ImageUtils.boundingBox() должен иметь самую большую ограничивающую рамку.
@ jadie1, как вы думаете, это может быть связано с проблемой, которую мы видели в случае использования бедренной кости?

@ iyerkrithika21 , не могли бы вы рассказать мне больше о том, как вы запускаете их в студии? Если бы мне пришлось угадывать, основываясь на именах файлов в углах, возможно, вы импортировали двоичные сегменты, пропустили очистку и нажали кнопку «Выполнить»? Они должны быть преобразованиями расстояния.

@ iyerkrithika21 , не могли бы вы рассказать мне больше о том, как вы запускаете их в студии? Если бы мне пришлось угадывать, основываясь на именах файлов в углах, возможно, вы импортировали двоичные сегменты, пропустили очистку и нажали кнопку «Выполнить»? Они должны быть преобразованиями расстояния.

Импортировал сегменты, запустил groom в студию. а затем нажал оптимизировать.

Будет исправлено для выпуска через проблему № 1133.

@ iyerkrithika21 , я добавил проблему для того, что вы видели:

1134