يخطر ببالي أن مجموعة البيانات البيضاوية قد تغيرت. هل يمكن لأحد أن يشرح الفرق بين "v0" و "v1"؟ لا يعمل ShapeWorks 5.5 بشكل أفضل على مجموعة البيانات / المعلمات البيضاوية الحالية. MustafaHosny اللهم امين

akenmorris "v1" هي مجموعات البيانات البيضاوية غير المهيأة التي تم إنشاؤها باستخدام ShapeCohortGenPackage. يتضمن جميع أوضاع الاختلافات والخيار التالية للأجيال:

1. أنصاف أقطار عشوائية
2. اتجاه عشوائي
3. بعض التقسيمات التي تلمس الحدود
4. المراكز العشوائية
5. قم بترتيب حجم الصور عشوائياً لتضمين المزيد من الخلفية

في حين أن مجموعة البيانات القديمة كان لديها وضع واحد فقط من التباين ، أفترض. @ jadie1 ،

@ jadie1 لقد اتفقنا من قبل على أننا

نعم ellipsoid-v1 كما هو موضح @ iyerkrithika21 ، لذلك يجب أن يكون لها أكثر من نمط واحد للتباين. ellipsoid-v0 هي البيانات الأصلية التي تكون النسخة غير المهيأة لها هي نفسها التي تم إعدادها.
أضفنا أيضًا ellipsoid_aligned-v1 الذي تم إنشاؤه باستخدام رمز إنشاء الفوج حيث كان ellipsoid-v1 محاذيًا بالفعل (المركز والاتجاه وحجم الصورة متماثلان). الفرق بين ellipsoid-v0 و ellipsoid_aligned-v1 هو ellipsoid-v0 له وضع واحد فقط من التباين بينما يختلف ellipsoid_aligned-v1 على طول جميع أنصاف الأقطار.

نعم ellipsoid-v1 كما هو موضح @ iyerkrithika21 ، لذلك يجب أن يكون لها أكثر من نمط واحد للتباين. ellipsoid-v0 هي البيانات الأصلية التي تكون النسخة غير المهيأة لها هي نفسها التي تم إعدادها.

لماذا يجب أن يحتوي الإصدار 1 على أوضاع أكثر؟ يجب أن تأخذ حالة استخدام هذه البيانات في الحسبان الأوضاع المتعلقة بالاختلال في المحاذاة.

أضفنا أيضًا ellipsoid_aligned-v1 الذي تم إنشاؤه باستخدام رمز إنشاء الفوج حيث كان ellipsoid-v1 محاذيًا بالفعل (المركز والاتجاه وحجم الصورة متماثلان). الفرق بين ellipsoid-v0 و ellipsoid_aligned-v1 هو ellipsoid-v0 له وضع واحد فقط من التباين بينما يختلف ellipsoid_aligned-v1 على طول جميع أنصاف الأقطار.

أصبح هذا مربكًا بعض الشيء. هل نحتاج إلى الاحتفاظ ببيانات اثنين من أشكال القطع الناقص ، أحدهما مع وضع والآخر بثلاثة أوضاع؟ أعتقد أن المحاذاة يجب أن يكون لها وضع واحد فقط (اختر نصف قطر واحد للتنوع) حيث من المفترض أن يكون هذا هو أبسط مثال على لعبة للتحسين.

بغض النظر عن المحاذاة أو عدد أنماط التباين ، تُظهر مجموعة المعلمات هذه توافقًا وأخذ عينات ضعيفًا:

نعم ellipsoid-v1 كما هو موضح @ iyerkrithika21 ، لذلك يجب أن يكون لها أكثر من نمط واحد للتباين. ellipsoid-v0 هي البيانات الأصلية التي تكون النسخة غير المهيأة لها هي نفسها التي تم إعدادها.

لماذا يجب أن يحتوي الإصدار 1 على أوضاع أكثر؟ يجب أن تأخذ حالة استخدام هذه البيانات في الحسبان الأوضاع المتعلقة بالاختلال في المحاذاة.

نظرًا لأن نصف القطر يختلف على طول المحاور الثلاثة ، يجب أن يكون هناك المزيد من أنماط التباين ، أليس كذلك؟

أضفنا أيضًا ellipsoid_aligned-v1 الذي تم إنشاؤه باستخدام رمز إنشاء الفوج حيث كان ellipsoid-v1 محاذيًا بالفعل (المركز والاتجاه وحجم الصورة متماثلان). الفرق بين ellipsoid-v0 و ellipsoid_aligned-v1 هو ellipsoid-v0 له وضع واحد فقط من التباين بينما يختلف ellipsoid_aligned-v1 على طول جميع أنصاف الأقطار.

أصبح هذا مربكًا بعض الشيء. هل نحتاج إلى الاحتفاظ ببيانات اثنين من أشكال القطع الناقص ، أحدهما مع وضع والآخر بثلاثة أوضاع؟ أعتقد أن المحاذاة يجب أن يكون لها وضع واحد فقط (اختر نصف قطر واحد للتنوع) حيث من المفترض أن يكون هذا هو أبسط مثال على لعبة للتحسين.

يمكنني إزالة ellipsoid_aligned-v1 أو ellipsoid-v0. ليس لدينا حالات استخدام تستخدم كلاهما ، لقد تركت للتو ellpsoid-v0 للمستخدمين الذين يستخدمون إصدارات أقدم من ShapeWorks. كان هذا هو الطلب الأصلي لإنشاء ellpsoid_aligned-v1: "هل يمكننا إعادة إنشاء v0 باستخدام نفس الكود مثل v1 عن طريق تعطيل جميع التحويلات؟ بهذه الطريقة نحافظ على الاتساق ولدينا كل من التقسيمات والشبكات اللطيفة لاختبار كل من المجالات الثابتة ومستويات القطع."

لست متأكدًا من سبب ضعف المراسلات في النموذج. أعتقد أن المعلمات بحاجة إلى إعادة ضبطها؟ هل يجب أن أحاول استخدام الأشكال البيضاوية الجديدة التي تختلف فقط على طول نصف قطر واحد؟

الاستمالة بها مشاكل أيضًا:

لاحظ أن الشكل الإهليلجي 9 لا يتركز حتى مع الآخرين.

هل هذه مشكلة في المثال الإهليلجي أم في مكتبة الصور؟ MustafaHosny اللهم امين يارب

هذه هي الطريقة التي تبحث بها الأشكال الإهليلجية عني في windows و Linux.
يبدو أن Ellipsoid 9 في المركز بالنسبة لي.

تمركز المظهر أيضًا بالنسبة لي - فقط قم بتشغيله مرة أخرى على فرع release_v6.0

لا تبدو نقاط المراسلات رائعة بالنسبة لي على الرغم من ذلك ، فربما تحتاج إلى مزيد من التنعيم؟ بالنسبة لي ، يبدو أن هناك أربعة أنماط للتباين - الأول هو الحجم ، والثلاثة التالية هي نصف القطر في الاتجاه x و y و z.

@ jadie1 ، @ iyerkrithika21 ، لقد جربت للتو على جهاز Mac مختلف ، تثبيت جديد للشكل يعمل 6.0 RC5 ، تثبيتات كوندا جديدة ، كل شيء. انظر إلى محاذاة العينات (لا حاجة حتى لإلقاء نظرة على DTs):

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

أوه ، ههه ، @ jadie1 ، @ iyerkrithika21 ، يجب عليك إيقاف تشغيل مربع الاختيار center في الاستوديو وإلا فسيتم توسيطها تلقائيًا لأغراض العرض. يرجى الفحص مرة أخرى مع التوسيط.

أوه نعم أرى الآن. لقد قمت للتو بتشغيل شرائح بدء الاستخدام مع الاستمالة. شاهد الفيديو الأخير هنا: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (يتطابق هذا الفيديو مع ما قمت بتشغيله للتو في فرع الإصدار).

أعتقد أنه يمكننا استعراض حالة الاستخدام والكمبيوتر الدفتري سطراً بسطر ونرى أين يختلف الاستمالة ...

اخدش أن الكمبيوتر الدفتري وتحويلات مسافة حالة الاستخدام لهما نفس مشكلة المركز / المحاذاة. تصبح المسافة التي تتحول من جهاز الكمبيوتر المحمول أكثر سلاسة.
akenmorris هل تعتقد أن عدم التمركز قد يحدث فقط لأن هناك قدرًا كبيرًا من التباين في مجموعة البيانات (الحجم ، الاتجاه ، نصف القطر ، إلخ)؟

يتم مواءمتها مع برنامج المقارنات الدولية؟

نعم ، المرجع هو ellipsoid_14

فهل تعتقد أنه ينتهي بمحاذاة الشكل البيضاوي 9 مع جانب واحد فقط؟

لست متأكدًا من كيفية معالجة هذا الأمر. بعد برنامج المقارنات الدولية ، هل ينبغي تطبيق مركز العمليات الجماعية؟

sheryjoe أي أفكار؟ يبدو من الخطأ التقاط هذه الترجمة كجزء من نموذج الشكل.

akenmorris أي ترجمة؟ لا استطيع ان ارى هذا في الفيديو. هل قمت بمراقبة الجودة في مركز خطوة محاذاة الكتلة؟ كما أن عدد مرات تكرار برنامج المقارنات الدولية قد يكون مهمًا في بعض الحالات.

لا يتم توسيط الأشكال الإهليلجية ، لذا يجب أن يلتقط نموذج الشكل الترجمة.

لا يتم توسيط الأشكال الإهليلجية ، لذا يجب أن يلتقط نموذج الشكل الترجمة.

يجب على COM توسيطهم.

يجب على COM توسيطهم.

أوافق على ذلك ، ولكن هل يقوم برنامج المقارنات الدولية بإلغاء توسيطهم لمطابقة جانب واحد؟

يجب على COM توسيطهم.

أوافق على ذلك ، ولكن هل يقوم برنامج المقارنات الدولية بإلغاء توسيطهم لمطابقة جانب واحد؟

يجب أن يكون تأثير برنامج المقارنات الدولية في حده الأدنى من الترجمة الكتابية بعد COM ، ما لم يكن المرجع حقًا شكلًا متوسطًا.

ما هي الحالة هنا؟ هل هناك من يعمل على ذلك؟ أعتقد أن هناك مشكلتين منفصلتين ، الاستمالة ثم معلمات التحسين.

@ jadie1 @ iyerkrithika21 أي تحديث؟

عندما أعددت التقسيمات في الاستوديو ، تبدو DTs على هذا النحو:

لذلك يبدو أن برنامج المقارنات الدولية قد يسبب بعض المشاكل في العناية الشخصية.

صيح. يتركز Ellipsoid 9 من قبل:

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

وبعد ذلك ، يتم إلغاء التمركز:

akenmorris عندما أحاول تحسين

لقد جربت 3 مستويات مختلفة من الحشو - 10،30،50. لكن أيا من هؤلاء لم يساعد.
وأيضًا في حالة استخدام لغة الثعبان ، حاولت تخطي خطوة المحاذاة الصلبة ، وحصلت على خطأ الصندوق المحيط هذا.

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

هذا الخطأ غير منطقي لأن ImageUtils.boundingBox() يجب أن يكون قادرًا على إعطاء أكبر مربع إحاطة.
@ jadie1 هل تعتقد أن هذا قد يكون مرتبطًا بالمشكلة التي رأيناها في حالة استخدام عظم الفخذ؟

@ iyerkrithika21 ، هل يمكن أن تخبرني المزيد عن كيفية تشغيلها في الاستوديو؟ إذا اضطررت إلى التخمين بناءً على أسماء الملفات الموجودة في الزوايا ، فربما قمت باستيراد التقسيمات الثنائية وتخطي الاستمالة والنقر فوق التشغيل؟ يجب أن تكون تحولات عن بعد.

@ iyerkrithika21 ، هل يمكن أن تخبرني المزيد عن كيفية تشغيلها في الاستوديو؟ إذا اضطررت إلى التخمين بناءً على أسماء الملفات الموجودة في الزوايا ، فربما قمت باستيراد التقسيمات الثنائية وتخطي الاستمالة والنقر فوق التشغيل؟ يجب أن تكون تحولات عن بعد.

لقد استوردت التقسيمات ، ركضت العريس في الاستوديو. ثم نقرت على تحسين.

سيتم إصلاحه للإفراج عن طريق الإصدار رقم 1133

@ iyerkrithika21 ، لقد أضفت مشكلة لما رأيته:

1134