मेरे साथ ऐसा होता है कि दीर्घवृत्त डेटासेट बदल गया है। क्या कोई "v0" और "v1" के बीच का अंतर समझा सकता है? शेपवर्क्स 5.5 वर्तमान दीर्घवृत्तीय डेटासेट/पैरामीटर पर कोई बेहतर प्रदर्शन नहीं करता है। @sheryjoe @jadie1 @iyerkritika21

@akenmorris "v1" शेपकोहोर्टजेनपैकेज का उपयोग करके उत्पन्न गैर-तैयार दीर्घवृत्त डेटासेट है। इसमें पीढ़ियों के लिए विविधता और विकल्प के सभी निम्नलिखित तरीके शामिल हैं:

1. यादृच्छिक त्रिज्या
2. यादृच्छिक अभिविन्यास
3. कुछ खंड जो सीमाओं को छूते हैं
4. यादृच्छिक केंद्र
5. अधिक पृष्ठभूमि शामिल करने के लिए छवियों के आकार को यादृच्छिक बनाएं

जबकि पुराने डेटासेट में भिन्नता का केवल एक ही तरीका था, मुझे लगता है। @ jadie1 , अगर मैं v0 के बारे में गलत हूं तो मुझे सुधारें।

@ jadie1 हम इससे पहले सहमत थे कि हम दो दीर्घवृत्ताभ डेटासेट प्रदान करेंगे, एक संरेखित (v0 के समान) और एक संरेखित नहीं (सौंदर्य प्रदर्शित करने के लिए)। मुझे लगता है कि v1 बाद वाला है।

हाँ दीर्घवृत्त-v1 @ iyerkritika21 के रूप में वर्णित है, इसलिए इसमें भिन्नता के एक से अधिक तरीके होने चाहिए। ellipsoid-v0 मूल डेटा है जिसके लिए अनग्रूम्ड वर्जन ग्रूम्ड के समान है।
हमने ellipsoid_aligned-v1 भी जोड़ा है जो कोहोर्ट जनरेशन कोड का उपयोग करके उत्पन्न किया गया था क्योंकि दीर्घवृत्त-v1 था लेकिन यह पहले से ही संरेखित है (केंद्र, अभिविन्यास और छवि आकार समान हैं)। दीर्घवृत्त-v0 और दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 के बीच का अंतर दीर्घवृत्त है-v0 में केवल भिन्नता का एक तरीका है जबकि दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 सभी त्रिज्याओं के साथ बदलता रहता है।

हाँ दीर्घवृत्त-v1 @ iyerkritika21 के रूप में वर्णित है, इसलिए इसमें भिन्नता के एक से अधिक तरीके होने चाहिए। ellipsoid-v0 मूल डेटा है जिसके लिए अनग्रूम्ड वर्जन ग्रूम्ड के समान है।

v1 में अधिक मोड क्यों होने चाहिए? इस डेटा के लिए उपयोग के मामले में मिसलिग्न्मेंट से संबंधित मोड का कारक होना चाहिए।

हमने ellipsoid_aligned-v1 भी जोड़ा है जो कोहोर्ट जनरेशन कोड का उपयोग करके उत्पन्न किया गया था क्योंकि दीर्घवृत्त-v1 था लेकिन यह पहले से ही संरेखित है (केंद्र, अभिविन्यास और छवि आकार समान हैं)। दीर्घवृत्त-v0 और दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 के बीच का अंतर दीर्घवृत्त है-v0 में केवल भिन्नता का एक तरीका है जबकि दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 सभी त्रिज्याओं के साथ बदलता रहता है।

यह थोड़ा भ्रमित करने वाला होता जा रहा है। क्या हमें दो संरेखित दीर्घवृत्त डेटा रखने की आवश्यकता है, एक एक मोड के साथ और दूसरा तीन मोड के साथ? मुझे लगता है कि गठबंधन में केवल एक मोड होना चाहिए (भिन्नता के लिए एक त्रिज्या चुनें) क्योंकि यह अनुकूलन के लिए सबसे सरल खिलौना उदाहरण माना जाता है।

संरेखण या भिन्नता के तरीकों की संख्या के बावजूद, मापदंडों का यह सेट खराब पत्राचार और नमूनाकरण दिखाता है:

हाँ दीर्घवृत्त-v1 @ iyerkritika21 के रूप में वर्णित है, इसलिए इसमें भिन्नता के एक से अधिक तरीके होने चाहिए। ellipsoid-v0 मूल डेटा है जिसके लिए अनग्रूम्ड वर्जन ग्रूम्ड के समान है।

v1 में अधिक मोड क्यों होने चाहिए? इस डेटा के लिए उपयोग के मामले में मिसलिग्न्मेंट से संबंधित मोड का कारक होना चाहिए।

क्योंकि त्रिज्या तीनों अक्षों के साथ बदलती रहती है, इसलिए भिन्नता के अधिक तरीके होने चाहिए, है ना?

हमने ellipsoid_aligned-v1 भी जोड़ा है जो कोहोर्ट जनरेशन कोड का उपयोग करके उत्पन्न किया गया था क्योंकि दीर्घवृत्त-v1 था लेकिन यह पहले से ही संरेखित है (केंद्र, अभिविन्यास और छवि आकार समान हैं)। दीर्घवृत्त-v0 और दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 के बीच का अंतर दीर्घवृत्त है-v0 में केवल भिन्नता का एक तरीका है जबकि दीर्घवृत्त_संरेखित-v1 सभी त्रिज्याओं के साथ बदलता रहता है।

यह थोड़ा भ्रमित करने वाला होता जा रहा है। क्या हमें दो संरेखित दीर्घवृत्त डेटा रखने की आवश्यकता है, एक एक मोड के साथ और दूसरा तीन मोड के साथ? मुझे लगता है कि गठबंधन में केवल एक मोड होना चाहिए (भिन्नता के लिए एक त्रिज्या चुनें) क्योंकि यह अनुकूलन के लिए सबसे सरल खिलौना उदाहरण माना जाता है।

मैं ellipsoid_aligned-v1 या ellipsoid-v0 को हटा सकता हूं। हमारे पास ऐसे मामलों का उपयोग नहीं है जो दोनों का उपयोग करते हैं, मैंने केवल शेपवर्क्स के पुराने संस्करणों का उपयोग करने वाले उपयोगकर्ताओं के लिए ellpsoid-v0 छोड़ा है। ellpsoid_aligned-v1 बनाने के लिए यह मूल अनुरोध था: "क्या हम सभी परिवर्तनों को अक्षम करके v1 के समान कोड का उपयोग करके v0 को पुन: उत्पन्न कर सकते हैं? इस तरह हम स्थिरता बनाए रखते हैं और निश्चित डोमेन और काटने वाले विमानों दोनों के परीक्षण के लिए दोनों सेगमेंटेशन और अच्छे जाल हैं।"

मुझे यकीन नहीं है कि मॉडल में खराब पत्राचार क्यों है। मुझे लगता है कि मापदंडों को फिर से शुरू करने की आवश्यकता है? क्या मुझे नए दीर्घवृत्त के साथ प्रयास करना चाहिए जो केवल एक त्रिज्या के साथ भिन्न होते हैं?

सौंदर्य में भी समस्याएं हैं:

नोटिस दीर्घवृत्त 9 अन्य के साथ भी केंद्रित नहीं है।

क्या यह इलिप्सिड उदाहरण में या छवि पुस्तकालय में कोई समस्या है? @cchriste @archanasri @jadie1 @iyerkritika21

विंडोज़ और लिनक्स में इस तरह से तैयार किए गए दीर्घवृत्त मेरे लिए दिखते हैं।
Ellipsoid 9 मेरे लिए केंद्रित लगता है।

मेरे लिए भी केंद्रित दिखता है - बस इसे फिर से रिलीज_वी 6.0 शाखा पर चलाया गया

पत्राचार बिंदु मेरे लिए बहुत अच्छे नहीं लगते हैं, हो सकता है कि इसे और अधिक चिकनाई की आवश्यकता हो? मेरे लिए ऐसा लगता है कि भिन्नता के चार तरीके हैं - पहला आकार है, और अगले तीन x, y, और z दिशा में त्रिज्या हैं।

@ jadie1 , @ iyerkritika21 , मैंने अभी एक अलग मैक पर कोशिश की, आकार की ताजा स्थापना 6.0 आरसी 5, नया कोंडा इंस्टॉल, सबकुछ काम करता है। नमूनों के संरेखण को देखें (डीटी को देखने की भी आवश्यकता नहीं है):

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

ओह, हा , @ iyerkritika21 , आपको स्टूडियो में center चेकबॉक्स को बंद करना होगा या यह प्रदर्शन उद्देश्यों के लिए उन्हें आपके लिए ऑटो सेंटर करेगा। कृपया केंद्र बंद करके फिर से निरीक्षण करें।

अरे हाँ अब देखता हूँ। मैंने अभी-अभी get-started-with-grooming-segmentations.ipynb चलाया जो समान डेटा का उपयोग करता है और मुझे ऐसा लगता है कि इसमें वही समस्या है लेकिन उतनी बुरी नहीं है। अंतिम वीडियो यहां देखें: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (यह वीडियो मेरे द्वारा अभी-अभी रिलीज़ शाखा पर चलाए जा रहे वीडियो से मेल खाता है)।

मुझे लगता है कि हम उपयोग के मामले और नोटबुक लाइन से लाइन के माध्यम से जा सकते हैं और देख सकते हैं कि सौंदर्य कहां अलग है ...

स्क्रैच करें कि नोटबुक और उपयोग केस डिस्टेंस ट्रांसफ़ॉर्म में एक ही केंद्र/संरेखण समस्या है। नोटबुक से दूरी का रूपांतरण बस आसान है।
@akenmorris क्या आपको लगता है कि ऑफ

उन्हें आईसीपी के साथ जोड़ा जा रहा है?

हां, संदर्भ है दीर्घवृत्त_14

तो क्या आपको लगता है कि यह केवल एक तरफ दीर्घवृत्त 9 को संरेखित करता है?

मुझे यकीन नहीं है कि हमें इसे कैसे संबोधित करना चाहिए। आईसीपी के बाद जनसंचालन केंद्र लागू करना चाहिए?

@sheryjoe कोई विचार? इस अनुवाद को आकार मॉडल के हिस्से के रूप में कैप्चर करना गलत लगता है।

@akenmorris कौन सा अनुवाद? मैं इसे वीडियो में नहीं देख सकता। क्या आपने QC को जन संरेखण चरण का केंद्र बनाया था? साथ ही, कुछ मामलों में ICP पुनरावृत्तियों की संख्या महत्वपूर्ण हो सकती है।

दीर्घवृत्त केंद्रित नहीं होते हैं, इसलिए आवश्यक रूप से आकार मॉडल अनुवाद को पकड़ लेता है।

दीर्घवृत्त केंद्रित नहीं होते हैं, इसलिए आवश्यक रूप से आकार मॉडल अनुवाद को पकड़ लेता है।

COM उन्हें केन्द्रित करना चाहिए।

COM उन्हें केन्द्रित करना चाहिए।

मैं सहमत हूं, लेकिन क्या आईसीपी उन्हें एक तरफ से मैच करने के लिए डी-सेंटर कर रहा है?

COM उन्हें केन्द्रित करना चाहिए।

मैं सहमत हूं, लेकिन क्या आईसीपी उन्हें एक तरफ से मैच करने के लिए डी-सेंटर कर रहा है?

COM के बाद ICP का प्रभाव न्यूनतम wrt अनुवाद होना चाहिए, जब तक कि संदर्भ वास्तव में मध्य आकार न हो।

यहां क्या स्थिति है? क्या कोई इस पर काम कर रहा है? मुझे लगता है कि दो अलग-अलग मुद्दे हैं, सौंदर्य और फिर अनुकूलन पैरामीटर।

@ jadie1 @ iyerkritika21 कोई अपडेट?

जब मैंने स्टूडियो में सेगमेंट तैयार किए, तो डीटी इस तरह दिखते हैं:

तो ऐसा लगता है कि ICP की वजह से ग्रूमिंग में कुछ दिक्कतें आ सकती हैं।

सही। Ellipsoid 9 पहले केंद्रित है:

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

और उसके बाद, यह डी-केंद्रित है:

@akenmorris जब मैं ICP के बिना स्टूडियो में दीर्घवृत्त को अनुकूलित करने का प्रयास करता हूं, तो मुझे यह संदेश मिलता है।

मैंने पैडिंग के 3 अलग-अलग स्तरों की कोशिश की - 10,30,50। लेकिन इनमें से किसी ने भी मदद नहीं की।
और अजगर उपयोग के मामले में भी, मैंने कठोर संरेखण चरण को छोड़ने का प्रयास किया, और मुझे यह बाउंडिंग बॉक्स त्रुटि मिलती है।

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

इस त्रुटि का कोई मतलब नहीं है क्योंकि ImageUtils.boundingBox() को सबसे बड़ा बाउंडिंग बॉक्स देने में सक्षम होना चाहिए।
@ jadie1 क्या आपको लगता है कि यह उस मुद्दे से संबंधित हो सकता है जिसे हमने फीमर के उपयोग के मामले में देखा था?

@ iyerkritika21 , क्या आप मुझे इस बारे में और बता सकते हैं कि आप इन्हें स्टूडियो में कैसे चला रहे हैं? अगर मुझे कोनों में फ़ाइल नामों के आधार पर अनुमान लगाना था, तो आपने शायद बाइनरी सेगमेंटेशन आयात किया, ग्रूमिंग को छोड़ दिया और रन पर क्लिक किया? उन्हें दूरी परिवर्तन करने की आवश्यकता है।

@ iyerkritika21 , क्या आप मुझे इस बारे में और बता सकते हैं कि आप इन्हें स्टूडियो में कैसे चला रहे हैं? अगर मुझे कोनों में फ़ाइल नामों के आधार पर अनुमान लगाना था, तो आपने शायद बाइनरी सेगमेंटेशन आयात किया, ग्रूमिंग को छोड़ दिया और रन पर क्लिक किया? उन्हें दूरी परिवर्तन करने की आवश्यकता है।

मैंने सेगमेंटेशन इंपोर्ट किया, स्टूडियो में दूल्हे को दौड़ाया। और फिर ऑप्टिमाइज़ पर क्लिक किया।

#1133 अंक के माध्यम से रिलीज के लिए तय किया जाएगा

@ iyerkritika21 , आपने जो देखा उसके लिए मैंने एक मुद्दा जोड़ा है:

1134