Mir fällt auf, dass sich der Ellipsoid-Datensatz geändert hat. Kann mir jemand den Unterschied zwischen "v0" und "v1" erklären? ShapeWorks 5.5 schneidet bei den aktuellen Ellipsoid-Datensätzen/-Parametern nicht besser ab. @sheryjoe @jadie1 @iyerkrithika21

@akenmorris "v1" sind die ungeprägten Ellipsoid-Datensätze, die mit dem ShapeCohortGenPackage generiert wurden. Es umfasst alle folgenden Varianten und Optionen für Generationen:

1. zufällige Radien
2. zufällige Ausrichtung
3. einige Segmentierungen, die Grenzen berühren
4. randomisierte Zentren
5. Verändere die Größe der Bilder zufällig, um mehr Hintergrund einzuschließen

Während der alte Datensatz nur einen Variationsmodus hatte, nehme ich an. @jadie1 , korrigiere mich, wenn ich mich in Bezug auf v0 irre.

@jadie1 Wir haben vorher vereinbart, dass wir zwei Ellipsoid-Datensätze bereitstellen, einen ausgerichtet (ähnlich v0) und einen nicht ausgerichtet (um die Pflege zu demonstrieren). Ich denke, v1 ist letzteres.

Ja ellipsoid-v1 ist wie von @iyerkrithika21 beschrieben, daher sollte es mehr als einen Variationsmodus haben. Ellipsoid-v0 sind die Originaldaten, für die die ungepflegte Version mit der gepflegten identisch ist.
Wir haben auch ellipsoid_aligned-v1 hinzugefügt, das mit dem Kohortengenerierungscode wie ellipsoid-v1 generiert wurde, aber bereits ausgerichtet ist (Zentrum, Ausrichtung und Bildgröße sind gleich). Der Unterschied zwischen ellipsoid-v0 und ellipsoid_aligned-v1 ist, dass Ellipsoid-v0 nur einen Variationsmodus hat, während ellipsoid_aligned-v1 entlang aller Radien variiert.

Ja ellipsoid-v1 ist wie von @iyerkrithika21 beschrieben, daher sollte es mehr als einen Variationsmodus haben. Ellipsoid-v0 sind die Originaldaten, für die die ungepflegte Version mit der gepflegten identisch ist.

Warum sollte v1 mehr Modi haben? Der Anwendungsfall für diese Daten sollte Modi im Zusammenhang mit einer Fehlausrichtung ausklammern.

Wir haben auch ellipsoid_aligned-v1 hinzugefügt, das mit dem Kohortengenerierungscode wie ellipsoid-v1 generiert wurde, aber bereits ausgerichtet ist (Zentrum, Ausrichtung und Bildgröße sind gleich). Der Unterschied zwischen ellipsoid-v0 und ellipsoid_aligned-v1 ist, dass Ellipsoid-v0 nur einen Variationsmodus hat, während ellipsoid_aligned-v1 entlang aller Radien variiert.

Das wird etwas verwirrend. Müssen wir zwei ausgerichtete Ellipsoid-Daten behalten, eines mit einem Modus und das andere mit drei Modi? Ich denke, die Ausrichtung sollte nur einen Modus haben (wählen Sie einen Radius für die Variation), da dies das einfachste Spielzeugbeispiel für die Optimierung sein soll.

Unabhängig von der Ausrichtung oder der Anzahl der Variationsmodi weist dieser Parametersatz eine schlechte Übereinstimmung und Stichprobenziehung auf:

Ja ellipsoid-v1 ist wie von @iyerkrithika21 beschrieben, daher sollte es mehr als einen Variationsmodus haben. Ellipsoid-v0 sind die Originaldaten, für die die ungepflegte Version mit der gepflegten identisch ist.

Warum sollte v1 mehr Modi haben? Der Anwendungsfall für diese Daten sollte Modi im Zusammenhang mit einer Fehlausrichtung ausklammern.

Da der Radius entlang aller drei Achsen variiert, sollte es mehr Variationsmodi geben, oder?

Wir haben auch ellipsoid_aligned-v1 hinzugefügt, das mit dem Kohortengenerierungscode wie ellipsoid-v1 generiert wurde, aber bereits ausgerichtet ist (Zentrum, Ausrichtung und Bildgröße sind gleich). Der Unterschied zwischen ellipsoid-v0 und ellipsoid_aligned-v1 ist, dass Ellipsoid-v0 nur einen Variationsmodus hat, während ellipsoid_aligned-v1 entlang aller Radien variiert.

Das wird etwas verwirrend. Müssen wir zwei ausgerichtete Ellipsoid-Daten behalten, eines mit einem Modus und das andere mit drei Modi? Ich denke, die Ausrichtung sollte nur einen Modus haben (wählen Sie einen Radius für die Variation), da dies das einfachste Spielzeugbeispiel für die Optimierung sein soll.

Ich kann ellipsoid_aligned-v1 oder ellipsoid-v0 entfernen. Wir haben keine Anwendungsfälle, die beide verwenden, ich habe ellpsoid-v0 nur für Benutzer gelassen, die ältere Versionen von ShapeWorks verwenden. Dies war die ursprüngliche Anfrage zur Erstellung von ellpsoid_aligned-v1: "Können wir v0 mit dem gleichen Code wie v1 regenerieren, indem wir alle Transformationen deaktivieren? Auf diese Weise erhalten wir die Konsistenz und haben sowohl Segmentierungen als auch schöne Netze, um sowohl auf feste Domänen als auch auf Schnittebenen zu testen."

Ich bin mir nicht sicher, warum das Modell eine schlechte Korrespondenz hat. Ich denke, die Parameter müssen neu abgestimmt werden? Sollte ich es mit neuen Ellipsoiden versuchen, die nur entlang eines Radius variieren?

Auch die Pflege hat Probleme:

Beachten Sie, dass das Ellipsoid 9 nicht einmal mit den anderen zentriert ist.

Ist dies ein Problem im Ellipsoid-Beispiel oder in der Bildbibliothek? @cchriste @archanasri @jadie1 @iyerkrithika21

So sehen die präparierten Ellipsoide für mich in Windows und Linux aus.
Ellipsoid 9 scheint für mich zentriert zu sein.

Sieht bei mir auch zentriert aus - habe es gerade noch einmal auf dem release_v6.0-Zweig ausgeführt

Die Korrespondenzpunkte sehen für mich aber auch nicht gut aus, vielleicht braucht es mehr Glättung? Für mich sieht es so aus, als ob es vier Variationsmodi gibt - der erste ist die Größe und die nächsten drei sind Radien in x-, y- und z-Richtung.

@jadie1 , @iyerkrithika21 , ich habe es gerade auf einem anderen Mac ausprobiert, Neuinstallation von Shape Works 6.0 RC5, neue Conda-Installationen, alles. Sehen Sie sich das Alignment für die Samples an (Sie müssen sich nicht einmal die DTs ansehen):

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

Oh, hah, @ jadie1, @ iyerkrithika21, müssen Sie das ausschalten center Checkbox in Studio oder es wird automatisch Zentrum sie für Sie für die Anzeige. Bitte nochmals mit Zentrierung prüfen.

Oh ja, jetzt verstehe ich. Ich habe gerade die Getting-Started-with-grooming-segmentations.ipynb ausgeführt, die die gleichen Daten verwendet, und es scheint mir, dass es das gleiche Problem hat, aber nicht so schlimm. Sehen Sie sich das letzte Video hier an: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (dieses Video entspricht dem, was ich gerade im Release-Zweig ausgeführt habe).

Ich denke, wir könnten den Anwendungsfall und das Notebook Zeile für Zeile durchgehen und sehen, wo sich die Pflege unterscheidet ...

Beachten Sie, dass die Abstandstransformationen für Notebook und Anwendungsfall das gleiche Problem mit der Mitte/Ausrichtung aufweisen. Die Abstandstransformationen zum Notebook sind einfach glatter.
@akenmorris glauben Sie, dass die auftritt , weil der Datensatz sehr unterschiedlich ist (Größe, Ausrichtung, Radien usw.)?

Sie werden mit ICP ausgerichtet?

Ja, die Referenz ist ellipsoid_14

Glauben Sie also, dass das Ellipsoid 9 nur an einer Seite ausgerichtet wird?

Ich bin mir nicht sicher, wie wir das angehen sollen. Sollte nach ICP ein Schwerpunktbetrieb angewendet werden?

@sheryjoe irgendwelche Gedanken? Es scheint falsch, diese Übersetzung als Teil des Formmodells zu erfassen.

@akenmorris welche Übersetzung? Das kann ich im Video nicht sehen. Haben Sie den Schritt zur Ausrichtung des Massenschwerpunkts einer QC unterzogen? Auch die Anzahl der ICP-Iterationen kann in einigen Fällen von Bedeutung sein.

Die Ellipsoide sind nicht zentriert, daher erfasst das Formmodell unbedingt die Translation.

Die Ellipsoide sind nicht zentriert, daher erfasst das Formmodell unbedingt die Translation.

COM sollte sie zentrieren.

COM sollte sie zentrieren.

Ich stimme zu, aber dezentriert ICP sie, um einer Seite zu entsprechen?

COM sollte sie zentrieren.

Ich stimme zu, aber dezentriert ICP sie, um einer Seite zu entsprechen?

Die Auswirkung von ICP sollte in Bezug auf die Übersetzung nach COM minimal sein, es sei denn, die Referenz ist nicht wirklich eine Medianform.

Wie ist der Stand hier? Arbeitet jemand daran? Ich denke, es gibt zwei verschiedene Probleme, die Pflege- und dann die Optimierungsparameter.

@jadie1 @iyerkrithika21 irgendein Update?

Als ich die Segmentierungen in Studio gepflegt habe, sehen die DTs so aus:

Es sieht also so aus, als könnte ICP einige Probleme bei der Pflege verursachen.

Richtig. Ellipsoid 9 ist zentriert vor:

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

Und danach wird es dezentriert:

@akenmorris Wenn ich versuche, die Ellipsoide in Studio ohne ICP zu optimieren, erhalte ich diese Meldung.

Ich habe 3 verschiedene Polsterstufen ausprobiert - 10,30,50. Aber nichts davon hat geholfen.
Und auch im Python-Anwendungsfall habe ich versucht, den rigidAlignment-Schritt zu überspringen, und ich erhalte diesen Bounding-Box-Fehler.

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

Dieser Fehler macht keinen Sinn, da ImageUtils.boundingBox() in der Lage sein sollte, den größten Begrenzungsrahmen anzugeben.
@jadie1 glauben Sie, dass dies mit dem Problem zusammenhängen könnte, das wir im Anwendungsfall Femur gesehen haben?

@iyerkrithika21 , kannst du mir mehr darüber erzählen, wie du diese im Studio

@iyerkrithika21 , kannst du mir mehr darüber erzählen, wie du diese im Studio

Ich importierte die Segmentierungen, ließ Groom im Studio laufen. und dann auf optimieren geklickt.

Wird zur Veröffentlichung über Problem Nr. 1133 behoben

@iyerkrithika21 , ich habe ein Problem für das hinzugefügt, was Sie gesehen haben:

1134