<p>Test de ShapeWorks 6.0</p>

CrĂ©Ă© le 2 mars 2021  Â·  16Commentaires  Â·  Source: SCIInstitute/ShapeWorks

Veuillez modifier et ajouter un ✅ indiquant le succĂšs et ❌ indiquant l'Ă©chec ou 🕒 pour un test en cours avec votre nom d'utilisateur lorsque vous terminez une tĂąche pour une plateforme donnĂ©e. Lorsqu'un test Ă©choue, veuillez ajouter un problĂšme github et le lier (* le problĂšme lorsqu'il est corrigĂ© et prĂȘt Ă  ĂȘtre testĂ© Ă  nouveau). Aussi, allez-y et ajoutez de nouvelles tĂąches qui ne figurent peut-ĂȘtre pas dĂ©jĂ  ici.

Veuillez utiliser la version candidate la plus récente pour tous les tests (faites attention à quel shapeworks se trouve dans votre $PATH ). La plus récente se trouve ici :

https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/releases/tag/v6.0.0-rc10

Exemple:

| | FenĂȘtres | Mac | Linux |
|-----------------|-----------------------------| --------------|----------------|
| Cahiers | | 🕒 (@archanasri) | |
| Cas d'utilisation : Ellipsoïde | ✅ ( @akenmorris ) | | |
| Cas d'utilisation : Tous les tests minuscules | ❌ (#1073) | ✅ (@cchriste) | |

Ok, maintenant la vraie chose!

| | FenĂȘtres | Mac | Linux |
|-----------------|-----------------------------| --------------|----------------|
| Installation propre | ✅ (@cchriste) (#1097, #1098) |✅ ( @akenmorris RC10) | |
| Blocs-notes : premiers pas avec les blocs-notes jupyter | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb) |
| Notebooks : mise en place de l'environnement shapeworks | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Notebooks : dĂ©buter avec les segmentations | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks : commencer à explorer les segmentations | ✅ (@cchriste) (#1113)| ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks : dĂ©buter avec les maillages | ✅ (@cchriste) (#1142) | ✅( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Ordinateurs portables : dĂ©buter avec l'augmentation des donnĂ©es | ✅ (@cchriste) | ✅(@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cahiers : dĂ©buter avec la gĂ©nĂ©ration de cohortes de formes | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Cas d'utilisation : ellipsoïde | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) |✅ ( @jadie1 RC10) |
| Cas d'utilisation : ellipsoïde --tiny_test | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Cas d'utilisation : ellipsoid_cut | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) | (✅ @jadie1 RC10) |
| Cas d'utilisation : ellipsoid_cut --tiny_test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : ellipsoid_evaluate | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@iyerkrithika21)|
| Cas d'utilisation : ellipsoid_fd | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10, @riddhishb)|
| Cas d'utilisation : ellipsoid_mesh | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) ( @jadie1 RC10) |
| Cas d'utilisation : ellipsoid_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) |
| Cas d'utilisation : fĂ©mur | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : fĂ©mur --groom_images | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur --groom_images --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur_mesh | ✅ (@cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21)| ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur_cut | ✅ (@cchriste) | ✅ (akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur_cut --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : femur_cut --tiny-test (anisotrope)| ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : left_atrium |✅ ( @akenmorris , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : left_atrium --tiny-test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : grumeaux | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : grumeaux --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : deep_ssm --tiny-test | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Cas d'utilisation : deep_ssm | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Studio : Exemple d'ellipsoïde | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| Studio : Exemple de carte des fonctionnalitĂ©s | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| ... | | | |

Veuillez limiter au minimum les commentaires sur ce problĂšme. Essayons de garder le statut dans le tableau et non dans les commentaires.

High Priority

Tous les 16 commentaires

Avons-nous des instructions quelque part sur la façon de tester (par exemple) les ordinateurs portables ? Il suffit de les ouvrir et de les exécuter ?

Je pense que oui. Il y a des instructions en eux pour la plupart. Ils exigent généralement que vous téléchargiez des données et que vous les mettiez au bon endroit. Vous ne pouvez pas tout ouvrir et tout exécuter aveuglément.

Concernant #1102, la rĂ©ponse devrait-elle ĂȘtre oui ou non ?
Le test en cours d'exécution a été répondu oui (utiliser l'espacement isotrope pour la rastérisation du maillage).

Pour tester? Cela devrait fonctionner dans les deux sens, tester Ă  la fois oui et non sur le petit test devrait cependant suffire. Pas besoin de tester l'ensemble du cas d'utilisation avec les deux.

J'ai désactivé cela maintenant, mais existe-t-il un moyen de dire à Windows de rester éveillé lorsque shapeworks est en cours d'exécution ?

Je recommanderais de désactiver le sommeil dans les options d'alimentation jusqu'à ce que vous ayez fini de tester shapeworks.

Demandez-vous s'il existe une API Windows pour dĂ©sactiver le sommeil, qu'un programme utilisateur peut modifier ? MĂȘme si c'est le cas, je recommanderais de ne pas poursuivre cela.

J'ai exécuté le cas d'utilisation deep_ssm avec RC8 sous Windows. C'est ainsi que cela s'est terminé. Est-ce ce qui est attendu ? @jadie1

Screenshot (28)

Voici ce qu'il y avait sur le terminal :

Screenshot (29)

@ jadie1 n'avons-nous pas ajouté les tracés de violon pour l'augmentation des données, à savoir ?

@ jadie1 n'avons-nous pas ajouté les tracés de violon pour l'augmentation des données, à savoir ?

Oui et il est utilisé dans le bloc-notes d'augmentation de données. Je n'ai pas changé le cas d'utilisation DeepSSM pour l'utiliser, je peux si vous le souhaitez.

@jadie1 , cela doit-il ĂȘtre considĂ©rĂ© comme un succĂšs ? Pouvons-nous fermer le problĂšme et le marquer comme rĂ©ussi ci-dessus ?

@jadie1 , cela doit-il ĂȘtre considĂ©rĂ© comme un succĂšs ? Pouvons-nous fermer le problĂšme et le marquer comme rĂ©ussi ci-dessus ?

Oui, si sur Windows ou pas de GPU, c'est la sortie attendue.

@ jadie1 n'avons-nous pas ajouté les tracés de violon pour l'augmentation des données, à savoir ?

Oui et il est utilisé dans le bloc-notes d'augmentation de données. Je n'ai pas changé le cas d'utilisation DeepSSM pour l'utiliser, je peux si vous le souhaitez.

@ jadie1 pour plus de cohérence, ajoutons les parcelles de violon au cas d'utilisation ssm profond. c'est aussi une meilleure visualisation pour transmettre les résultats de l'augmentation.

Je voulais juste vĂ©rifier que ce rĂ©sultat semble bon pour le femur_cut complet. La course a durĂ© 2-3 jours. Je l'ai marquĂ© comme rĂ©ussi ci-dessus, mais je voulais ĂȘtre sĂ»r. Merci!

Screen Shot 2021-03-10 at 8 05 05 AM

@cchriste , ça m'a l'air bien.

@jadie1 , cela doit-il ĂȘtre considĂ©rĂ© comme un succĂšs ? Pouvons-nous fermer le problĂšme et le marquer comme rĂ©ussi ci-dessus ?

Oui, si sur Windows ou pas de GPU, c'est la sortie attendue.

Existe-t-il un problÚme github pour activer l'utilisation du ou des GPU sous Windows ? Cette boßte en contient deux et ils s'ennuient _vraiment_.

Cela fonctionnera sous Windows si l'utilisateur installe lui-mĂȘme la version correcte de Pytorch dans l'environnement ShapeWorks en suivant ce document : PyTorch GPU Support for ShapeWorks . Il semble qu'il n'y ait aucun moyen fiable de dĂ©tecter automatiquement la version de CUDA sous Windows, c'est pourquoi nous n'avons pas installĂ© conda_installs.bat avec le support GPU. Nous pouvons crĂ©er un problĂšme, mais je ne suis pas sĂ»r qu'il existe actuellement une solution.

Malheureusement, ces instructions ne fournissent aucune mĂ©thode pour dĂ©terminer la version de CUDA disponible sur Windows (quelque chose devra ĂȘtre installĂ©, c'est donc un processus qui commence probablement ici . Je l'examinerai plus en dĂ©tail lorsque j'en aurai l'occasion.

Je pense que nous n'en sommes qu'aux deux cas d'utilisation d'ellipsoĂŻdes pour cette version. Quelqu'un pourrait-il avoir des idĂ©es de choses que nous n'avons pas encore pensĂ© Ă  tester ? Y a-t-il quelque chose en particulier que nous devrions ĂȘtre sĂ»rs d'exĂ©cuter Ă  nouveau sur une plate-forme particuliĂšre ?

Le cas d'utilisation et le notebook ellipsoid fonctionnent sur la branche one_mode_ellipsoid (problĂšme #1133). La seule chose que nous attendons est que les paramĂštres doivent ĂȘtre rĂ©glĂ©s pour le cas d'utilisation ellipsoid_cut car la correspondance n'est toujours pas excellente (problĂšme #1104). @HeavenlyBerserker et @akenmorris Dois-je faire un PR maintenant pour la branche one_mode_ellipsoid ? Ou attendez au cas oĂč les paramĂštres ellipsoid_cut seraient mis Ă  jour ?

Je n'ai trouvé aucun problÚme avec RC10 sous Linux !

Terminé!

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