<p>Pruebas de ShapeWorks 6.0</p>
Edite y agregue una ✅ que indique éxito y ❌ que indique falla o 🕒 para una prueba en curso con su nombre de usuario cuando complete una tarea para una plataforma determinada. Cuando una prueba falla, agregue un problema de github y vincúlelo (* el problema cuando esté solucionado y listo para probar nuevamente). Además, siga adelante y agregue nuevas tareas que quizás no estén aquí.
Utilice la versión candidata más reciente para todas las pruebas (tenga cuidado con qué shapeworks está en su $PATH ). El más reciente se encuentra aquí:
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/releases/tag/v6.0.0-rc10
Ejemplo:
| | Ventanas | Mac | linux |
|-------------------------|--------------------------------------------| --------------|----------------|
| Cuadernos | | 🕒 (@archanasri) | |
| Caso de uso: Elipsoide | ✅ ( @akenmorris ) | | |
| Caso de uso: todas las pruebas pequeñas | ❌ (#1073) | ✅ (@cchriste) | |
Ok, ahora lo real!
| | Ventanas | Mac | linux |
|-------------------------|--------------------------------------------| --------------|----------------|
| Instalación limpia | ✅ (@cchriste) (#1097, #1098) |✅ ( @akenmorris RC10) | |
| Portátiles: introducción a los portátiles jupyter | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb) |
| Cuadernos: puesta en marcha-shapeworks-entorno | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Cuadernos: primeros pasos con las segmentaciones | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Blocs de notas: introducción a la exploración de segmentaciones | ✅ (@cchriste) (#1113)| ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Cuadernos: primeros pasos con las mallas | ✅ (@cchriste) (#1142) | ✅( @ akenmorrisRC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: primeros pasos con el aumento de datos | ✅ (@cchriste) | ✅(@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Notebooks: introducción a la generación de cohortes de formas | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: elipsoide | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) |✅ ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: elipsoide --tiny_test | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Caso de uso: ellipsoid_cut | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) | (✅ @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: ellipsoid_cut --tiny_test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: ellipsoid_evaluate | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@iyerkrithika21)|
| Caso de uso: ellipsoid_fd | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10, @riddhishb)|
| Caso de uso: ellipsoid_mesh | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: ellipsoid_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) |
| Caso de uso: fémur | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fémur --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fémur --groom_images | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fémur --groom_images --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_mesh | ✅ (@cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21)| ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut | ✅ (@cchriste) | ✅ (aken morris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut --tiny-test (anisotrópico)| ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: aurícula izquierda |✅ ( @akenmorris , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: aurícula izquierda --tiny-test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: bultos | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: bultos --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: deep_ssm --tiny-test | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: deep_ssm | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Studio: Ejemplo de elipsoide | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| Studio: Ejemplo de mapa de características | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| ... | | | |
Por favor, mantenga los comentarios sobre este tema al mínimo. Intentemos mantener el estado en la tabla y no en los comentarios.
akenmorris
Todos 16 comentarios
¿Tenemos instrucciones en algún lugar sobre cómo probar (digamos) portátiles? ¿Simplemente abrirlos y ejecutarlos?
Creo que sí. Hay instrucciones en ellos en su mayor parte. Por lo general, requieren que descargue datos y los coloque en el lugar correcto. No puedes simplemente abrir ciegamente y ejecutar todo.
akenmorris
en 2 mar. 2021
Con respecto al #1102, ¿la respuesta debería ser sí o no?
La prueba que se está ejecutando actualmente se respondió afirmativamente (usar espaciado isotrópico para la rasterización de malla).
¿Para las pruebas? Debería funcionar de cualquier manera, sin embargo, la prueba con sí y no en la prueba pequeña solo debería ser suficiente. No es necesario probar todo el caso de uso con ambos.
jadie1
en 4 mar. 2021
Lo he deshabilitado ahora, pero ¿hay alguna manera de decirle a Windows que permanezca despierto cuando se está ejecutando Shapeworks?
Recomendaría deshabilitar la suspensión en las opciones de energía hasta que termine de probar Shapeworks.
¿Está preguntando si hay una API de Windows para deshabilitar la suspensión, que un programa de usuario puede modificar? Incluso si lo hay, recomendaría no seguir con eso.
akenmorris
en 4 mar. 2021
Ejecuté el caso de uso deep_ssm con RC8 en Windows. Esto es con lo que terminó. ¿Es esto lo que se espera? @jadie1
Esto es lo que había en la terminal:
akenmorris
en 8 mar. 2021
@jadie1 , ¿no agregamos las gráficas de violín para el aumento de datos, a saber?
sheryjoe
en 8 mar. 2021
@jadie1 , ¿no agregamos las gráficas de violín para el aumento de datos, a saber?
Sí y se utiliza en el cuaderno de aumento de datos. No cambié el caso de uso de DeepSSM para usarlo, puedo hacerlo si lo desea.
jadie1
en 8 mar. 2021
@jadie1 , ¿esto debería considerarse un éxito? ¿Podemos cerrar el problema y marcarlo como exitoso arriba?
akenmorris
en 8 mar. 2021
@jadie1 , ¿esto debería considerarse un éxito? ¿Podemos cerrar el problema y marcarlo como exitoso arriba?
Sí, si está en Windows o sin GPU, ese es el resultado esperado.
jadie1
en 8 mar. 2021
@jadie1 , ¿no agregamos las gráficas de violín para el aumento de datos, a saber?
Sí y se utiliza en el cuaderno de aumento de datos. No cambié el caso de uso de DeepSSM para usarlo, puedo hacerlo si lo desea.
@jadie1 para mantener la coherencia, agreguemos las tramas de violín al caso de uso profundo de ssm. también es una mejor visualización para transmitir los resultados del aumento.
sheryjoe
en 8 mar. 2021
Solo quería verificar que este resultado se vea bien para el femur_cut completo. La carrera tomó 2-3 días. Lo marqué como exitoso arriba, pero quería estar seguro. ¡Gracias!
cchriste
en 10 mar. 2021
@cchriste , me parece bien.
akenmorris
en 10 mar. 2021
@jadie1 , ¿esto debería considerarse un éxito? ¿Podemos cerrar el problema y marcarlo como exitoso arriba?
Sí, si está en Windows o sin GPU, ese es el resultado esperado.
¿Hay algún problema de github para habilitar la utilización de las GPU en Windows? Esta caja tiene dos de ellos y están _realmente_ aburridos.
Funcionará en Windows si el usuario instala la versión correcta de Pytorch en el entorno de ShapeWorks siguiendo este documento: Soporte de GPU de PyTorch para ShapeWorks . Parece que no hay una forma confiable de detectar automáticamente la versión de CUDA en Windows, por lo que no tenemos conda_installs.bat instalado con soporte para GPU. Podemos hacer un problema, pero no estoy seguro de si actualmente hay una solución.
Desafortunadamente, esas instrucciones no proporcionan ningún método para determinar la versión de CUDA disponible en Windows (será necesario instalar algo, por lo que es un proceso que probablemente comience aquí ). Lo investigaré más cuando tenga la oportunidad.
cchriste
en 10 mar. 2021
Creo que nos quedamos solo con los dos casos de uso de elipsoides para esta versión. ¿Alguien podría tener ideas para cosas que aún no hemos pensado en probar? ¿Hay algo en particular que debamos asegurarnos de volver a ejecutar en alguna plataforma en particular?
cchriste
en 11 mar. 2021
El caso de uso del elipsoide y el cuaderno están funcionando en la rama one_mode_ellipsoid (problema n.º 1133). Lo único que estamos esperando es que los parámetros deben ajustarse para el caso de uso ellipsoid_cut porque la correspondencia aún no es excelente (problema n.º 1104). @HeavenlyBerserker y @akenmorris ¿Debería hacer una PR ahora para la rama one_mode_ellipsoid? ¿O esperar en caso de que se actualicen los parámetros ellipsoid_cut?
jadie1
en 11 mar. 2021
¡No encontré ningún problema con RC10 en Linux!
jadie1
en 22 mar. 2021
¡Hecho!
akenmorris
en 31 mar. 2021
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