<p>ShapeWorks 6.0-Tests</p>
Bitte bearbeiten und fĂŒgen Sie ein â fĂŒr Erfolg und â fĂŒr Fehler oder đ fĂŒr einen laufenden Test mit Ihrem Benutzernamen hinzu, wenn Sie eine Aufgabe fĂŒr eine bestimmte Plattform abschlieĂen. Wenn ein Test fehlschlĂ€gt, fĂŒgen Sie bitte ein Github-Problem hinzu und verlinken Sie es (* das Problem, wenn es behoben ist und erneut getestet werden kann). Fahren Sie auch fort und fĂŒgen Sie neue Aufgaben hinzu, die hier möglicherweise noch nicht aufgefĂŒhrt sind.
Bitte verwenden Sie fĂŒr alle Tests den neuesten Release Candidate (achten Sie darauf, welches shapeworks in Ihrem $PATH steht). Die aktuellste findet sich hier:
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/releases/tag/v6.0.0-rc10
Beispiel:
| | Fenster | Mac | Linux |
|------------------|------------------------| --------------|----------------|
| NotizbĂŒcher | | đ (@archanasri) | |
| Anwendungsfall: Ellipsoid | â
( @akenmorris ) | | |
| Anwendungsfall: Alle Tiny-Test | â (#1073) | â
(@cchriste) | |
Okay, jetzt das Richtige!
| | Fenster | Mac | Linux |
|------------------|------------------------| --------------|----------------|
| Saubere Installation | â
(@cchriste) (#1097, #1098) |â
( @akenmorris RC10) | |
| Notebooks: Erste-Schritte-mit-Jupyter-Notebooks | â
(@cchriste) | â
( @akenmorris RC10) | â
( @jadie1 , @riddhishb) |
| Notebooks: Shapeworks-Umgebung einrichten | â
(@cchriste) | â
( @akenmorris RC10) | â
( @jadie1 , @riddhishb)|
| Notebooks: Erste-Schritte-mit-Segmentierungen | â
(@cchriste) (#1113) | â
( @akenmorris RC10) | â
( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: Erste-Schritte-mit-Segmentierungen-erkunden | â
(@cchriste) (#1113)| â
( @akenmorris RC10) | â
( @jadie1 RC10) |
| NotizbĂŒcher: erste-schritte-mit-meshes | â
(@cchriste) (#1142) | â
( @akenmorris RC10) | â
( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: Erste-Schritte-mit-Datenerweiterung | â
(@cchriste) | â
(@akenmorris) | â
(@jadie1) |
| NotizbĂŒcher: Erste-Schritte-mit-Shape-Kohortengeneration | â
(@cchriste) (#1113) | â
(@akenmorris) | â
( @jadie1 RC10) |
| Anwendungsfall: Ellipsoid | â
( @akenmorris RC10) | â
(@akenmorris) |â
( @jadie1 RC10) |
| Anwendungsfall: Ellipsoid --tiny_test | â
(@akenmorris) | â
(@archanasri) | â
( @jadie1 , @riddhishb)|
| Anwendungsfall: ellipsoid_cut | â
( @akenmorris RC10) | â
(@akenmorris) | (â
@jadie1 RC10) |
| Anwendungsfall: ellipsoid_cut --tiny_test |â
(@akenmorris) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: ellipsoid_evaluate | â
(@akenmorris) (RC6) | â
(@akenmorris) (RC6) | â
(@iyerkrithika21)|
| Anwendungsfall: ellipsoid_fd | â
(@cchriste) | â
(@akenmorris) | â
( @jadie1 RC10, @riddhishb)|
| Anwendungsfall: ellipsoid_mesh | â
( @iyerkrithika21 , @cchriste) | â
(@archanasri) | â
(@medakk) ( @jadie1 RC10) |
| Anwendungsfall: ellipsoid_mesh --tiny-test | â
(@iyerkrithika21) | â
(@archanasri) | â
(@medakk) |
| Anwendungsfall: Femur | â
(@cchriste) | â
( @akenmorris RC10) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: Femur --tiny-test | â
(@iyerkrithika21) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: Femur --groom_images | â
(@cchriste) | â
(@akenmorris) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: Femur --groom_images --tiny-test |â
(@iyerkrithika21) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: femur_mesh | â
(@cchriste) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: femur_mesh --tiny-test | â
(@iyerkrithika21)| â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: femur_cut | â
(@cchriste) | â
(Akenmorris) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: femur_cut --tiny-test | â
(@iyerkrithika21) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: femur_cut --tiny-test (anisotrop)| â
(@akenmorris) | â
(@akenmorris) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: left_atrium |â
( @akenmorris , @cchriste) | â
(@akenmorris) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: left_atrium --tiny-test |â
(@akenmorris) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: Klumpen | â
( @iyerkrithika21 , @cchriste) | â
(@akenmorris) | â
(@jadie1) |
| Usecase: lumps --tiny-test |â
(@iyerkrithika21) | â
(@archanasri) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: deep_ssm --tiny-test | â
(@cchriste) | â
( @akenmorris RC10) | â
(@jadie1) |
| Anwendungsfall: deep_ssm | â
(@cchriste) | â
( @akenmorris RC10) | â
(@jadie1) |
| Studio: Ellipsoid-Beispiel | â
(@akenmorris) | â
(@akenmorris) | â
(@medakk) |
| Studio: Feature-Map-Beispiel | â
(@akenmorris) | â
(@akenmorris) | â
(@medakk) |
| ... | | | |
Bitte beschrÀnken Sie Kommentare zu diesem Thema auf ein Minimum. Versuchen wir, den Status in der Tabelle und nicht in den Kommentaren zu halten.
akenmorris
Alle 16 Kommentare
Haben wir irgendwo Anleitungen, wie man (sagen wir) Notebooks testet? Einfach öffnen und ausfĂŒhren?
Ich glaube schon. Meistens sind darin Anleitungen enthalten. Sie verlangen normalerweise, dass Sie Daten herunterladen und an der richtigen Stelle ablegen. Sie können nicht einfach blind alles öffnen und ausfĂŒhren.
akenmorris
am 2. MĂ€rz 2021
Sollte die Antwort in Bezug auf #1102 Ja oder Nein lauten?
Der aktuell laufende Test wurde mit Ja beantwortet (isotrope AbstĂ€nde fĂŒr Mesh-Rasterung verwenden).
Zum PrĂŒfen? Es sollte so oder so funktionieren, das Testen mit Ja und Nein nur auf dem winzigen Test sollte jedoch ausreichend sein. Es ist nicht erforderlich, den gesamten Anwendungsfall mit beiden zu testen.
jadie1
am 4. MĂ€rz 2021
Ich habe das jetzt deaktiviert, aber gibt es eine Möglichkeit, Windows anzuweisen, wach zu bleiben, wenn Shapeworks ausgefĂŒhrt wird?
Ich wĂŒrde empfehlen, den Ruhezustand in den Energieoptionen zu deaktivieren, bis Sie mit dem Testen von Shapeworks fertig sind.
Fragen Sie, ob es eine Windows-API zum Deaktivieren des Ruhezustands gibt, die ein Benutzerprogramm Ă€ndern kann? Selbst wenn es das gibt, wĂŒrde ich davon abraten.
akenmorris
am 4. MĂ€rz 2021
Ich habe den Anwendungsfall deep_ssm mit RC8 unter Windows ausgefĂŒhrt. Damit endete es. Ist das zu erwarten? @Jadie1
Folgendes war auf dem Terminal:
akenmorris
am 8. MĂ€rz 2021
@jadie1 haben wir nicht die Geigendiagramme fĂŒr die Datenerweiterung hinzugefĂŒgt, nĂ€mlich?
sheryjoe
am 8. MĂ€rz 2021
@jadie1 haben wir nicht die Geigendiagramme fĂŒr die Datenerweiterung hinzugefĂŒgt, nĂ€mlich?
Ja, und es wird im Data Augmentation Notebook verwendet. Ich habe den DeepSSM-Anwendungsfall nicht geÀndert, um ihn zu verwenden, ich kann, wenn Sie möchten.
jadie1
am 8. MĂ€rz 2021
@jadie1 , sollte dies als Erfolg gewertet werden? Können wir das Problem schlieĂen und oben als erfolgreich markieren?
akenmorris
am 8. MĂ€rz 2021
@jadie1 , sollte dies als Erfolg gewertet werden? Können wir das Problem schlieĂen und oben als erfolgreich markieren?
Ja, unter Windows oder ohne GPU ist dies die erwartete Ausgabe.
jadie1
am 8. MĂ€rz 2021
@jadie1 haben wir nicht die Geigendiagramme fĂŒr die Datenerweiterung hinzugefĂŒgt, nĂ€mlich?
Ja, und es wird im Data Augmentation Notebook verwendet. Ich habe den DeepSSM-Anwendungsfall nicht geÀndert, um ihn zu verwenden, ich kann, wenn Sie möchten.
@jadie1 aus GrĂŒnden der Konsistenz fĂŒgen wir die Violin-Plots dem tiefen ssm-Anwendungsfall hinzu. Es ist auch eine bessere Visualisierung, um die Augmentationsergebnisse zu vermitteln.
sheryjoe
am 8. MĂ€rz 2021
Ich wollte nur ĂŒberprĂŒfen, ob dieses Ergebnis fĂŒr den vollstĂ€ndigen femur_cut gut aussieht. Der Lauf dauerte 2-3 Tage. Ich habe es oben als erfolgreich markiert, wollte aber sicher gehen. Danke!
cchriste
am 10. MĂ€rz 2021
@cchriste , sieht gut aus fĂŒr mich.
akenmorris
am 10. MĂ€rz 2021
@jadie1 , sollte dies als Erfolg gewertet werden? Können wir das Problem schlieĂen und oben als erfolgreich markieren?
Ja, unter Windows oder ohne GPU ist dies die erwartete Ausgabe.
Gibt es ein Github-Problem, um die Nutzung der GPU(s) unter Windows zu ermöglichen? Diese Kiste hat zwei davon und sie langweilen sich _wirklich_.
Es funktioniert unter Windows, wenn der Benutzer die richtige Version von Pytorch selbst in der ShapeWorks-Umgebung gemÀà diesem Dokument installiert: PyTorch GPU Support for ShapeWorks . Es scheint, dass es keine zuverlĂ€ssige Möglichkeit gibt, die CUDA-Version unter Windows automatisch zu erkennen, weshalb wir conda_installs.bat nicht mit GPU-UnterstĂŒtzung installieren lassen. Wir können ein Problem melden, aber ich bin mir nicht sicher, ob es derzeit eine Lösung gibt.
Leider bieten diese Anweisungen keine Methode zum Ermitteln der unter Windows verfĂŒgbaren CUDA-Version (es muss etwas installiert werden, daher ist es ein Prozess, der wahrscheinlich hier beginnt. Ich werde mich nĂ€her damit befassen, wenn ich die Möglichkeit dazu habe.
cchriste
am 10. MĂ€rz 2021
Ich denke, wir haben fĂŒr diese Version nur die beiden Ellipsoid-AnwendungsfĂ€lle. Hat jemand vielleicht Ideen fĂŒr Dinge, an deren Test wir noch nicht gedacht haben? Gibt es etwas Bestimmtes, das wir auf einer bestimmten Plattform unbedingt wieder ausfĂŒhren sollten?
cchriste
am 11. MĂ€rz 2021
Der Ellipsoid-Anwendungsfall und das Notebook arbeiten am one_mode_ellipsoid-Zweig (issue #1133). Das einzige, worauf wir warten, ist, dass die Parameter fĂŒr den Anwendungsfall ellipsoid_cut angepasst werden mĂŒssen, da die Ăbereinstimmung immer noch nicht groĂartig ist (Ausgabe Nr. 1104). @HeavenlyBerserker und @akenmorris Soll ich jetzt eine PR fĂŒr den one_mode_ellipsoid-Zweig machen? Oder warten Sie, bis die ellipsoid_cut-Parameter aktualisiert werden?
jadie1
am 11. MĂ€rz 2021
Ich habe keine Probleme mit RC10 unter Linux gefunden!
jadie1
am 22. MĂ€rz 2021
Getan!
akenmorris
am 31. MĂ€rz 2021
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