Mimic-code: Überblick über MIMIC-III

Soweit mir bekannt ist, gibt es in MIMIC keine öffentlich zugängliche Häufigkeitstabelle für psychiatrische ICD-Diagnosen (-9). Sie können die MIMIC-III-Demo durchsuchen, um zu sehen, ob Sie die Informationen finden, an denen Sie interessiert sind (https://physionet.org/content/mimiciii-demo/1.4/), aber die kleine Patientenzahl könnte Ihre Erkenntnisse einschränken . Wenn Sie hier einige ICD-9-Codes auflisten, findet jemand, der die Ausgabe liest, vielleicht die Zeit, einen Blick darauf zu werfen.

Der Demo-Datensatz enthält nur Daten für _„alle Aufenthalte auf der Intensivstation (ICU) für 100 Patienten“_. Daher ist es in meinem Fall nicht sinnvoll (dh einen Überblick über die Anzahl der Psychiatriepatienten und ihre ICD-9-Codes zu erhalten: 290-319 ). Für mich wäre es sehr hilfreich, einen Überblick über ICD-Diagnosen zu bekommen, damit ich im Vorfeld entscheiden kann, ob es für mich sinnvoll ist, den Einschreibekurs zu machen.

Eine solche Übersicht bietet beispielsweise die Signaturdatenbank .

Als Anfang ist hier eine schnelle Abfrage, um Patienten mit dieser Reihe von ICD-9-Codes (geordnet nach der Anzahl unterschiedlicher Patienten) herauszuziehen:

SELECT a.icd9_code, b.long_title, count(distinct a.subject_id) as n_patient, 
FROM `physionet-data.mimiciii_clinical.diagnoses_icd` a
LEFT JOIN `physionet-data.mimiciii_clinical.d_icd_diagnoses` b
ON a.icd9_code = b.icd9_code
WHERE a.ICD9_CODE BETWEEN '290%' and '319%'
GROUP BY a.icd9_code, b.long_title
ORDER BY count(distinct a.subject_id) DESC
LIMIT 40;

icd9_code | langer_titel | n_patient
-- | -- | --
3051 | Tabakkonsumstörung | 3001
311 | Depressive Störung, anderweitig nicht klassifiziert | 2926
30000 | Angstzustand, nicht näher bezeichnet | 1452
2930 | Delirium aufgrund von anderenorts klassifizierten Zuständen | 1398
2948 | Sonstige anhaltende psychische Störungen aufgrund von anderenorts klassifizierten Erkrankungen | 1026
30500 | Alkoholmissbrauch, nicht näher bezeichnet | 954
3004 | Dysthymische Störung | 928
29181 | Alkoholentzug | 675
30391 | Andere und nicht näher bezeichnete Alkoholabhängigkeit, kontinuierlich | 653
30390 | Andere und nicht näher bezeichnete Alkoholabhängigkeit, nicht näher bezeichnet | 568
29410 | Demenz bei anderenorts klassifizierten Zuständen ohne Verhaltensstörung | 551
29680 | Bipolare Störung, nicht näher bezeichnet | 507
30501 | Alkoholmissbrauch, kontinuierlich | 388
30560 | Kokainmissbrauch, nicht näher bezeichnet | 368
29281 | Drogeninduziertes Delirium | 361
30301 | Akute alkoholische Vergiftung bei Alkoholismus, kontinuierlich | 301
2910 | Alkoholentzugsdelirium | 292
30393 | Andere und nicht näher bezeichnete Alkoholabhängigkeit, in Remission | 281
30401 | Abhängigkeit vom Opioidtyp, kontinuierlich | 251
30981 | Posttraumatische Belastungsstörung | 229
2967 | Bipolare I-Störung, jüngste Episode (oder aktuelle) nicht näher bezeichnet | 187
29590 | Nicht näher bezeichnete Schizophrenie, nicht näher bezeichnet | 182
30590 | Sonstiger, gemischter oder nicht näher bezeichneter Drogenmissbrauch, nicht näher bezeichnet | 177
30550 | Opioidmissbrauch, nicht näher bezeichnet | 174
2920 | Drogenentzug | 167
29570 | Schizoaffektive Störung, nicht näher bezeichnet | 163
29620 | Major Depression, affektive Störung, einzelne Episode, nicht näher bezeichnet | 158
29420 | Demenz, nicht näher bezeichnet, ohne Verhaltensstörung | 158
3079 | Sonstige und nicht näher bezeichnete besondere Symptome oder Syndrome, anderweitig nicht klassifiziert | 153
29040 | Vaskuläre Demenz, unkompliziert | 136
2939 | Nicht näher bezeichnete vorübergehende psychische Störung bei anderenorts klassifizierten Zuständen | 130
319 | Nicht näher bezeichnete geistige Behinderungen | 129
31401 | Aufmerksamkeitsdefizitstörung mit Hyperaktivität | 121
30503 | Alkoholmissbrauch, in Remission | 112
2989 | Nicht näher bezeichnete Psychose | 107
30001 | Panikstörung ohne Agoraphobie | 104
30400 | Abhängigkeit vom Opioidtyp, nicht näher bezeichnet | 102
30520 | Cannabismissbrauch, nicht näher bezeichnet | 95
29650 | Bipolare I-Störung, letzte (oder aktuelle) depressive Episode, nicht näher bezeichnet | 77
30300 | Akute Alkoholvergiftung bei Alkoholismus, nicht näher bezeichnet | 77

Danke, das ist ein guter Anfang und genau das, was ich wollte. Natürlich wäre es trotzdem praktisch, wenn diese Übersicht in Zukunft als Feature implementiert werden könnte.