Pecan: Errores de la aplicación SHINY - PROBLEMA EPIC para el endurecimiento del código SHINY en VM

El siguiente código conservará los archivos de registro en la VM:

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

A VM le faltan estos paquetes R que las aplicaciones SHINY necesitan:
'shinytoastr' para la ingesta de datos
'ESTANTE' para elicitación
'gráfico' luego 'CodeDepends' para Pecan.depend

Para BenchmarkReport, falta un objeto "resultados", por lo que la página no se carga. Creo que es porque no he hecho una prueba de referencia. Necesita la experiencia de @bcow aquí.

@robkooper Fue a agregar paquetes y vi que todos estaban en el archivo DESCRIPCIÓN de sus respectivos directorios brillantes, enumerados en "depende". ¿Es ese el lugar equivocado? También vi su último compromiso con la rama de lanzamiento. ¿Eso resuelve esto?

No, ese es el lugar correcto, el problema es que no instalas los paquetes brillantes y, por lo tanto, los archivos dependen no se analizan, es bueno saber que se enumeran allí.

Supongo que todavía no consideramos que viewMet sea estable para ser lanzado, así que ¿publicar este nuevo error aquí?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh Creo que lo que publicaste es en realidad un problema de análisis de udunits: algunas de las variables más antiguas de bety tienen unidades que no se pueden analizar. Así que creo que la mejor solución es arreglar las entradas cada vez que surja esto.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

Además, udunits2 no analizará Kg.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

De acuerdo con @bcow en que la solución es arreglar las entradas de Bety. Sería bueno abrir una edición separada sobre la ejecución de una verificación en todas las unidades de variables bety para que podamos volver atrás y corregir las entradas antiguas. Además, FWIW hice que Liam pusiera esta verificación exacta en las variables de formato que forman parte de su nueva aplicación de ingesta de datos para ayudar a evitar que esto siga adelante.

Este problema está obsoleto porque ha estado abierto los 365 días sin actividad.

@mdietze @bcow @robkooper ¿Sigue activo? ¿Quizás algo para revisar como parte de la implementación de # 2162?

¿Cuándo está programado nuestro próximo lanzamiento? Yo diría que deberíamos etiquetar este para la próxima versión para asegurarnos de que tenemos todas las aplicaciones de Shiny funcionando en ese momento, y asegurarnos de cerrar esto en ese momento.