Pecan: Ошибки приложения SHINY - ПРОБЛЕМА EPIC для усиления кода SHINY на виртуальной машине

Следующий код сохранит файлы журнала на виртуальной машине:

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

В виртуальной машине отсутствуют эти пакеты R, которые необходимы приложениям SHINY:
shinytoastr для приема данных
'SHELF' для выявления
'graph', затем 'CodeDepends' для Pecan.depend

Для BenchmarkReport отсутствует объект «результаты», поэтому страница не загружается. Я считаю, что это потому, что я не проводил тестовый прогон. Здесь нужен опыт @bcow .

@robkooper Зашел добавить пакеты и увидел, что все они находятся в файле

Нет, это подходящее место, проблема в том, что вы не устанавливаете блестящие пакеты, и, следовательно, зависимости не анализируются, хорошо знать, что они перечислены там.

Я полагаю, что мы еще не рассматриваем стабильную версию ViewMet, поэтому размещать здесь эту новую ошибку?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh Я думаю, что то, что вы опубликовали, на самом деле является проблемой синтаксического анализа udunits - некоторые из самых старых переменных в bety имеют единицы, которые не могут быть проанализированы. Поэтому я думаю, что лучшим решением будет исправлять записи всякий раз, когда это возникает.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

Кроме того, udunits2 не будет анализировать Kg.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

Согласитесь с @bcow, что решение - исправить записи Бети. Было бы хорошо открыть отдельный вопрос о запуске проверки всех блоков переменных Bety, чтобы мы могли вернуться и исправить старые записи. Кроме того, FWIW я попросил Лиама поставить эту точную проверку в части переменных форматов в его новом приложении приема данных, чтобы избежать этого.

Эта проблема устарела, потому что она открыта 365 дней без активности.

@mdietze @bcow @robkooper Это все еще активно? Может быть, что-то пересмотреть в рамках реализации # 2162?

Когда у нас запланирован следующий выпуск? Я бы сказал, что мы должны пометить это для следующего выпуска, чтобы убедиться, что у нас все приложения Shiny работают, и убедиться, что мы закрыли это на этом этапе.