Pecan: SHINY μ•± 였λ₯˜ - VM의 SHINY μ½”λ“œ 강화에 λŒ€ν•œ EPIC ISSUE

에 λ§Œλ“  2018λ…„ 08μ›” 20일  Β·  11μ½”λ©˜νŠΈ  Β·  좜처: PecanProject/pecan

Smaller IssuesλŠ” 각 Shiny 앱에 λŒ€ν•΄ 이 Epic Issue에 μ—°κ²°λ©λ‹ˆλ‹€. λͺ©ν‘œλŠ” 릴리슀 1.6.0용 WorkflowPlotλΆ€ν„° μ‹œμž‘ν•˜μ—¬ AGUμ—μ„œ λͺ¨λ“  λ‘œλ“œ 및 μž‘μ—…μ„ μˆ˜ν–‰ν•˜λŠ” κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€.

버그 μ„€λͺ…
VMμ—μ„œ μ¦‰μ‹œ SHINY μ•± νŽ˜μ΄μ§€λ₯Ό λ‘œλ“œν•˜λ©΄ λ¬Έμ œκ°€ λ°œμƒν•˜λŠ” 경우 λ‹€μ–‘ν•œ μˆ˜μ€€μ˜ 성곡 및 λ™μž‘μ΄ λ°œμƒν•©λ‹ˆλ‹€.
BenchmarkingReport - 둜그λ₯Ό ν™•μΈν•˜κ³  μ•± μž‘μ„±μžμ—κ²Œ λ¬Έμ˜ν•˜λΌλŠ” λ©”μ‹œμ§€ 였λ₯˜
BrowDog - 잘 λ‘œλ“œ 쀑
데이터 μˆ˜μ§‘ - "μ‘μš© ν”„λ‘œκ·Έλž¨μ„ μ‹œμž‘ν•˜μ§€ λͺ»ν–ˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. μ΄ˆκΈ°ν™”ν•˜λŠ” λ™μ•ˆ μ‘μš© ν”„λ‘œκ·Έλž¨μ΄ μ’…λ£Œλ˜μ—ˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€." 였λ₯˜
μ „λ¬Έκ°€ μœ λ„ - "μ„œλ²„μ—μ„œ μ—°κ²° ν•΄μ œλ¨"μ΄λΌλŠ” νšŒμƒ‰ ν™”λ©΄ 였λ₯˜
μ „μ—­ 민감도 - "μ„œλ²„μ—μ„œ μ—°κ²° ν•΄μ œλ¨"μ΄λΌλŠ” νšŒμƒ‰ ν™”λ©΄ 였λ₯˜
PEcAn.depend - ν”„λ‘μ‹œ 였λ₯˜, "ν”„λ‘μ‹œ μ„œλ²„κ°€ μ—…μŠ€νŠΈλ¦Ό μ„œλ²„λ‘œλΆ€ν„° 잘λͺ»λœ 응닡을 λ°›μ•˜μŠ΅λ‹ˆλ‹€. ν”„λ‘μ‹œ μ„œλ²„κ°€ GET/shiny/Pecan.depend/ μš”μ²­μ„ μ²˜λ¦¬ν•  수 μ—†μŠ΅λ‹ˆλ‹€. 이유: 원격 μ„œλ²„μ—μ„œ μ½λŠ” λ™μ•ˆ
ViewMet - 벌금 λ‘œλ“œ 쀑
WorkflowPlot- "μ„œλ²„μ—μ„œ μ—°κ²° ν•΄μ œλ¨"μ΄λΌλŠ” νšŒμƒ‰ ν™”λ©΄ 였λ₯˜

μž¬ν˜„ν•˜κΈ° μœ„ν•΄
λ™μž‘μ„ μž¬ν˜„ν•˜λŠ” 단계:

  1. 둜컬 λΈŒλΌμš°μ €μ—μ„œ http://localhost :6480/으둜 μ΄λ™ν•˜μ—¬ μ‹€ν–‰ 쀑인 pecan VM으둜 Web GUIλ₯Ό μ—½λ‹ˆλ‹€
  2. '좜λ ₯ μ‹œκ°ν™”'λ₯Ό ν΄λ¦­ν•˜μ‹­μ‹œμ˜€.
  3. 각 Shiny 앱을 ν΄λ¦­ν•˜μ‹­μ‹œμ˜€.
  4. 각각에 λŒ€ν•œ 였λ₯˜ 보기

μ˜ˆμƒλ˜λŠ” 행동
ν•  수 μžˆλŠ” λŒ€ν™”ν˜• νŽ˜μ΄μ§€

μŠ€ν¬λ¦°μƒ·
ν•΄λ‹Ήν•˜λŠ” 경우 문제λ₯Ό μ„€λͺ…ν•˜λŠ” 데 도움이 λ˜λŠ” μŠ€ν¬λ¦°μƒ·μ„ μΆ”κ°€ν•˜μ„Έμš”.
image

기계(λ‹€μŒ 정보λ₯Ό μž‘μ„±ν•˜μ‹­μ‹œμ˜€):

  • VM 1.6.0-RC1
  • λ¦¬λˆ…μŠ€
  • 둜컬 μ»΄ν“¨ν„°μ˜ Firefox

μΆ”κ°€ μ»¨ν…μŠ€νŠΈ
여기에 λ¬Έμ œμ— λŒ€ν•œ λ‹€λ₯Έ μ»¨ν…μŠ€νŠΈλ₯Ό μΆ”κ°€ν•˜μ‹­μ‹œμ˜€.

Bug VM 02 - Normal Not started Epic Stale

λͺ¨λ“  11 λŒ“κΈ€

λ‹€μŒ μ½”λ“œλŠ” VM의 둜그 νŒŒμΌμ„ λ³΄μ‘΄ν•©λ‹ˆλ‹€.

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

VMμ—λŠ” SHINY 앱에 ν•„μš”ν•œ λ‹€μŒ R νŒ¨ν‚€μ§€κ°€ μ—†μŠ΅λ‹ˆλ‹€.
데이터 μˆ˜μ§‘μ„ μœ„ν•œ 'shinytoastr'
μœ λ„λ₯Ό μœ„ν•œ 'SHELF'
Pecan.depend에 λŒ€ν•œ 'κ·Έλž˜ν”„' λ‹€μŒ 'CodeDepends'

BenchmarkReport의 경우 "κ²°κ³Ό" κ°œμ²΄κ°€ λˆ„λ½λ˜μ–΄ νŽ˜μ΄μ§€κ°€ λ‘œλ“œλ˜μ§€ μ•ŠμŠ΅λ‹ˆλ‹€. 벀치마크λ₯Ό μ‹€ν–‰ν•˜μ§€ μ•Šμ•˜κΈ° λ•Œλ¬Έμ΄λΌκ³  μƒκ°ν•©λ‹ˆλ‹€. 여기에 @bcow 의 μ „λ¬Έ 지식이 ν•„μš”ν•©λ‹ˆλ‹€.

@robkooper νŒ¨ν‚€μ§€λ₯Ό μΆ”κ°€ν•˜κΈ° μœ„ν•΄ κ°”κ³  λͺ¨λ“  νŒ¨ν‚€μ§€κ°€ "

그것은 μ˜¬λ°”λ₯Έ μž₯μ†Œκ°€ μ•„λ‹™λ‹ˆλ‹€. λ¬Έμ œλŠ” λ°˜μ§μ΄λŠ” νŒ¨ν‚€μ§€λ₯Ό μ„€μΉ˜ν•˜μ§€ μ•Šμ•„ 쒅속 ν•­λͺ©μ΄ ꡬ문 λΆ„μ„λ˜μ§€ μ•ŠλŠ”λ‹€λŠ” κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€.

아직 viewMetκ°€ μ•ˆμ •μ μœΌλ‘œ μΆœμ‹œλ  것이라고 μƒκ°ν•˜μ§€ μ•ŠλŠ” 것 κ°™μœΌλ‹ˆ 여기에 이 β€‹β€‹μƒˆλ‘œμš΄ 버그λ₯Ό κ²Œμ‹œν•˜μ‹œκ² μŠ΅λ‹ˆκΉŒ?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: β€˜PEcAn.utils’

The following object is masked from β€˜package:utils’:

    download.file


Attaching package: β€˜lubridate’

The following objects are masked from β€˜package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from β€˜package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh κ²Œμ‹œν•œ λ‚΄μš©μ€ μ‹€μ œλ‘œ udunits ꡬ문 뢄석 문제라고 μƒκ°ν•©λ‹ˆλ‹€. betyμ—μ„œ κ°€μž₯ 였래된 λ³€μˆ˜ 쀑 μΌλΆ€μ—λŠ” ꡬ문 뢄석할 수 μ—†λŠ” λ‹¨μœ„κ°€ μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. κ·Έλž˜μ„œ κ°€μž₯ 쒋은 해결책은 이 λ¬Έμ œκ°€ λ°œμƒν•  λ•Œλ§ˆλ‹€ ν•­λͺ©μ„ μˆ˜μ •ν•˜λŠ” κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

λ˜ν•œ udunits2 λŠ” Kgλ₯Ό ꡬ문 λΆ„μ„ν•˜μ§€ μ•ŠμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

이 μ†”λ£¨μ…˜μ€ Bety ν•­λͺ©μ„ μˆ˜μ •ν•˜λŠ” κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€ @bcow에 λ™μ˜ν•©λ‹ˆλ‹€. λͺ¨λ“  bety λ³€μˆ˜ λ‹¨μœ„μ— λŒ€ν•œ 검사 싀행에 λŒ€ν•œ λ³„λ„μ˜ 문제λ₯Ό μ—΄μ–΄μ„œ 이전 ν•­λͺ©μœΌλ‘œ λŒμ•„κ°€ μˆ˜μ •ν•  수 μžˆλ„λ‘ ν•˜λŠ” 것이 μ’‹μŠ΅λ‹ˆλ‹€. λ˜ν•œ FWIWμ—μ„œ λ‚˜λŠ” Liamμ—κ²Œ 이 μ •ν™•ν•œ 검사λ₯Ό 그의 μƒˆλ‘œμš΄ 데이터 Ingest μ•±μ˜ ν˜•μ‹ λ³€μˆ˜ 뢀뢄에 λ„£μ–΄ μ•žμœΌλ‘œ λ‚˜μ•„κ°€λŠ” 것을 λ°©μ§€ν•˜λ„λ‘ ν–ˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

이 λ¬Έμ œλŠ” 365일 λ™μ•ˆ ν™œλ™μ΄ μ—†μ—ˆκΈ° λ•Œλ¬Έμ— μœ νš¨ν•˜μ§€ μ•ŠμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

@mdietze @bcow @robkooper 아직 ν™œλ™ μ€‘μΈκ°€μš”? #2162 κ΅¬ν˜„μ˜ μΌλΆ€λ‘œ λ‹€μ‹œ λ°©λ¬Έν•΄μ•Ό ν•  사항이 μžˆμŠ΅λ‹ˆκΉŒ?

λ‹€μŒ μΆœμ‹œ 일정은 μ–Έμ œμΈκ°€μš”? λ‚˜λŠ” μš°λ¦¬κ°€ λͺ¨λ“  Shiny 앱이 κ·Έ λ•Œ μž‘λ™ν•˜λŠ”μ§€ ν™•μΈν•˜κΈ° μœ„ν•΄ λ‹€μŒ λ¦΄λ¦¬μŠ€μ— 이 앱을 νƒœκ·Έν•΄μ•Ό ν•˜κ³  κ·Έ μ‹œμ μ—μ„œ 이것을 λ‹«μ•„μ•Ό ν•œλ‹€κ³  λ§ν•˜κ³  μ‹ΆμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

이 νŽ˜μ΄μ§€κ°€ 도움이 λ˜μ—ˆλ‚˜μš”?
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