Pecan: SHINY 应用程序错误 - VM 上 SHINY 代码强化的史诗问题

以下代码将保留 VM 上的日志文件：

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

VM 缺少 SHINY 应用程序需要的这些 R 包：
用于数据摄取的“shinytoastr”
'SHELF' 用于引出
'graph' 然后是 Pecan.depend 的 'CodeDepends'

对于 BenchmarkReport，缺少一个对象“结果”，因此页面不会加载。 我相信那是因为我没有做过基准测试。 这里需要@bcow的专业知识。

@robkooper去添加包，看到它们都在各自闪亮目录的描述文件中，列在“依赖”下。 那个地方不对吗？ 还看到了您对发布分支的最新提交。 这能解决这个问题吗？

不，那是正确的地方，问题是您没有安装闪亮的软件包，因此未解析依赖项，很高兴知道它们列在那里。

我想我们还没有考虑发布 viewMet 稳定版，所以在这里发布这个新错误？

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh我认为您发布的内容实际上是一个 udunits 解析问题- bety 中一些最旧的变量具有无法解析的单位。 所以我认为最好的解决方案是在出现这种情况时修复条目。

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

此外， udunits2不会解析 Kg。

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

同意@bcow的解决方案是修复 Bety 条目。 打开一个关于对所有 bety 变量单元进行检查的单独问题会很好，这样我们就可以回去修复旧条目。 此外，FWIW 我让 Liam 在他的新数据摄取应用程序的格式变量部分进行了精确检查，以帮助避免这种情况的发生

这个问题是陈旧的，因为它已经开放了 365 天，没有任何活动。

@mdietze @bcow @robkooper这还活跃吗？ 作为实施#2162 的一部分，也许需要重新审视？

我们下一次发布的时间是什么时候？ 我想说我们应该将这个标记到下一个版本，以确保我们让所有 Shiny 应用程序都能正常工作，并确保我们在那时关闭它。