Pecan: Erreurs d'application SHINY - PROBLÈME ÉPIQUE pour le renforcement du code SHINY sur la machine virtuelle

Le code suivant conservera les fichiers journaux sur la VM :

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

Il manque à la VM ces packages R dont les applications SHINY ont besoin :
'shinytoastr' pour l'ingestion de données
'SHELF' pour l'élicitation
'graph' puis 'CodeDepends' pour Pecan.depend

Pour BenchmarkReport, un objet "résultats" est manquant, la page ne se charge donc pas. Je crois que c'est parce que je n'ai pas fait de test de référence. Besoin de l'expertise de @bcow ici.

@robkooper est allé ajouter des packages et j'ai vu qu'ils se

Non, c'est le bon endroit, le problème est que vous n'installez pas les packages brillants, et donc le depend n'est pas analysé, il est bon de savoir qu'ils y sont répertoriés.

Je suppose que nous n'envisageons pas encore la sortie de viewMet stable, donc poster ce nouveau bogue ici ?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh Je pense que ce que vous avez posté est en fait un problème d'analyse d'udunits - certaines des variables les plus anciennes de bety ont des unités qui ne peuvent pas être analysées. Je pense donc que la meilleure solution est d'aller corriger les entrées chaque fois que cela se produit.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

De plus, udunits2 n'analysera pas Kg.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

Convenez avec

Ce numéro est périmé car il a été ouvert 365 jours sans activité.

@mdietze @bcow @robkooper Est-ce toujours actif ? Peut-être quelque chose à revoir dans le cadre de la mise en œuvre de #2162 ?

Quand est prévue notre prochaine sortie ? Je dirais que nous devrions marquer celui-ci dans la prochaine version pour nous assurer que toutes les applications Shiny fonctionnent alors, et nous assurer de fermer cela à ce stade.