Pecan: Kesalahan Aplikasi SHINY - MASALAH EPIC untuk Pengerasan Kode SHINY di VM

Kode berikut akan menyimpan file log di VM:

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

VM tidak memiliki paket R yang dibutuhkan aplikasi SHINY ini:
'shinytoastr' untuk Data-Ingest
'SHELF' untuk Elitasi
'grafik' lalu 'CodeDepends' untuk Pecan.depend

Untuk BenchmarkReport, objek "hasil" tidak ada sehingga halaman tidak dapat dimuat. Saya percaya itu karena saya belum melakukan benchmark run. Butuh keahlian @bcow di sini.

@robkooper Pergi untuk menambahkan paket dan melihat semuanya ada di File DESKRIPSI dari direktori masing-masing mengkilap, terdaftar di bawah "tergantung". Apakah itu tempat yang salah? Lihat juga komit terbaru Anda ke cabang rilis. Apakah itu menyelesaikan ini?

Bukan itu tempat yang tepat, masalahnya adalah Anda tidak menginstal paket-paket yang mengkilap, dan dengan demikian depend tidak diuraikan, bagus untuk mengetahui bahwa mereka terdaftar di sana.

Saya kira kita belum mempertimbangkan viewMet stable untuk dirilis, jadi posting bug baru ini di sini?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh Saya pikir apa yang Anda posting sebenarnya adalah masalah penguraian udunits - beberapa variabel tertua di bety memiliki unit yang tidak dapat diuraikan. Jadi saya pikir solusi terbaik adalah memperbaiki entri setiap kali ini muncul.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

Juga, udunits2 tidak akan mengurai Kg.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

Setuju dengan @bcow bahwa solusinya adalah memperbaiki entri Bety. Akan lebih baik untuk membuka masalah terpisah tentang menjalankan pemeriksaan pada semua unit variabel bety sehingga kami dapat kembali dan memperbaiki entri lama. Juga, FWIW saya meminta Liam melakukan pemeriksaan yang tepat ini di bagian variabel format dari aplikasi Ingest data barunya untuk membantu menghindari ini bergerak maju

Masalah ini sudah basi karena telah dibuka selama 365 hari tanpa aktivitas.

@mdietze @bcow @robkooper Apakah ini masih aktif? Mungkin sesuatu untuk ditinjau kembali sebagai bagian dari penerapan #2162?

Kapan rilis kami berikutnya dijadwalkan? Saya akan mengatakan bahwa kita harus menandai yang ini ke rilis berikutnya untuk memastikan semua aplikasi Shiny berfungsi, dan pastikan kita menutup ini pada saat itu.