Pecan: SHINY App-Fehler – EPIC ISSUE for SHINY Code Hardening auf VM

Der folgende Code bewahrt die Protokolldateien auf der VM:

sudo -s
echo "preserve_logs true;" >> /etc/shiny-server/shiny-server.conf
service shiny-server restart

Der VM fehlen diese R-Pakete, die SHINY-Apps benötigen:
'shinytoastr' für die Datenaufnahme
'SHELF' für die Ermittlung
'graph' dann 'CodeDepends' für Pecan.depend

Für BenchmarkReport fehlt ein Objekt "Ergebnisse", damit die Seite nicht geladen wird. Ich glaube, das liegt daran, dass ich keinen Benchmark-Lauf durchgeführt habe. Brauchen Sie hier die Expertise von

@robkooper Wollte Pakete hinzufügen und sah, dass sich alle in der DESCRIPTION-Datei ihrer jeweiligen glänzenden Verzeichnisse befinden, die unter "abhängig" aufgeführt sind. Ist das der falsche Ort? Habe auch dein neuestes Commit zum Release-Zweig gesehen. Löst das das?

Nein, das ist der richtige Ort, das Problem ist, dass Sie die Shiny-Pakete nicht installieren und somit die Abhängigkeiten nicht geparst werden, gut zu wissen, dass sie dort aufgelistet sind.

Ich nehme an, wir halten viewMet stable noch nicht für veröffentlicht, also posten Sie diesen neuen Fehler hier?

2018-08-27 09:02:24 DEBUG  [server.R#148: PEcAn.logger::logger.debug] :
2018-08-27 09:02:25 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] : Site 76 selected
2018-08-27 09:02:48 DEBUG  [server.R#25: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Site 1000000146 selected
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#109: PEcAn.logger::logger.debug] :
   Loading AmerifluxLBL_CF_gapfill
2018-08-27 09:03:07 DEBUG  [server.R#110: PEcAn.logger::logger.debug] : Loading 2005
Warning in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
  RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:77969) in column 17)
2018-08-27 09:03:07 WARN   [server.R#124: query.format.vars] :
   Units not convertible for precipitation_flux with units of Kg/m2/s .
   Please make sure the varible has units that can be converted to kg m-2
   s-1

Attaching package: ‘PEcAn.utils’

The following object is masked from ‘package:utils’:

    download.file


Attaching package: ‘lubridate’

The following objects are masked from ‘package:data.table’:

    hour, isoweek, mday, minute, month, quarter, second, wday, week,
    yday, year

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

udunits system database read
Warning in dat %in% as.numeric(format$na.strings) :
  NAs introduced by coercion
Error in str_detect(t.units, "ince\\s[0-9]{4}[.-][0-9]{2}[.-][0-9]{2}.*\\s-\\d+") :
  could not find function "str_detect"

@serbinsh Ich denke, das, was Sie gepostet haben, ist eigentlich ein Udunits-Parsing-Problem - einige der ältesten Variablen in bety haben Einheiten, die nicht geparst werden können. Daher denke ich, dass die beste Lösung darin besteht, die Einträge zu reparieren, wenn dies auftritt.

> ud.is.parseable("Kg/m2/s")
[1] FALSE

Außerdem analysiert udunits2 kg nicht.

> ud.is.parseable("Kg")
[1] FALSE
> ud.is.parseable("kg")
[1] TRUE

Stimmen Sie @bcow zu, dass die Lösung darin besteht, Bety-Einträge zu reparieren. Es wäre gut, ein separates Thema zum Ausführen einer Überprüfung aller bety-variablen Einheiten zu öffnen, damit wir zurückgehen und alte Einträge korrigieren können. Außerdem ließ FWIW ich Liam genau diese Überprüfung in den Formatvariablen in seiner neuen Datenaufnahme-App vornehmen, um dies zu vermeiden

Dieses Problem ist veraltet, da es 365 Tage ohne Aktivität geöffnet war.

@mdietze @bcow @robkooper Ist das noch aktiv? Vielleicht etwas, das Sie im Rahmen der Implementierung von #2162 noch einmal überdenken sollten?

Wann ist unsere nächste Veröffentlichung geplant? Ich würde sagen, dass wir diese mit der nächsten Version markieren sollten, um sicherzustellen, dass alle Shiny-Apps dann funktionieren, und stellen Sie sicher, dass wir diese an diesem Punkt schließen.