Scikit-learn: Примеры использования предварительно вычисленной матрицы расстояний для кластеризации

какая часть вам непонятна?
используйте metric="precomputed" и предоставьте в качестве X предварительно вычисленную матрицу подобия.
См. http://scikit-learn.org/dev/auto_examples/manifold/plot_mds.html для примера использования MDS.

нет, это невозможно алгоритмически для k означает

Можем ли мы изменить тип расстояния на косинусное сходство? Спасибо!

нет. У нас есть PR в работах для K medoid, который является родственным алгоритмом
который может принимать произвольную метрику расстояния. Попробуйте: #7694. К означает
необходимо повторно вычислить евклидово расстояние от каждой точки до
произвольный вектор и требует, чтобы среднее значение было значимым; это не может работать
с выбранной вами метрикой.