问候,
我在设置 docker 映像时遇到了一些问题。 我在这里遵循了指南: https ://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker
我的系统:
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
我当前位于 (D:) 的文件夹树:
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
\mimic-data\csv
文件夹包含 MIMIC-III .csv.gz
数据文件。 在运行容器时,文件夹mimic_pgdata
是空的。 即使在运行容器后它也是空的。 我认为这是因为在创建容器后我没有执行任何命令。
我使用的命令(使用 Git Bash 终端):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
我从 Docker 仪表板得到的结果:
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
docker images
的输出:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
我试过了:
老实说,对 Docker 不太熟悉 - 但也许@xiaosongz或@haobibo可以发表评论,因为他们最近都在使用构建。
嗨 @khalid-hussain ,@ xiaosongz在 docker 镜像构建文件setup.sh
中发现了一个错误。
我创建了一个 PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693试图解决这个问题。
能否请您按照更新的setup.sh
(或直接从 https://github.com/haobibo/mimic-code 克隆)查看更新的代码是否有效。
对不起,我忙于其他一些问题。 我明天试试。 感谢您的及时回复。
更新:我仍然有同样的问题。 我也更新了setup.sh
和Dockerfile
但它仍然给了我相同的输出。
你好,我也发现了这个问题。 现在有什么解决办法吗?
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这里同样的问题。
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有没有人有解决方案! 我们的系统也有同样的问题。
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任何解决方案?
上帝请帮助,我已经被困在这里几个小时了
实验室中的某个人可能会在某个时候查看修复 Docker 映像,但我们的资源有限,这不是我们的优先事项之一。 我们很乐意审查来自社区的拉取请求。
同样的问题在这里
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我面临同样的问题?
-03-11 08:31:31.885 UTC [1] 日志:在 x86_64-pc-linux-gnu 上启动 PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1),由 gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3 编译。 0、64 位
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] 日志:侦听 IPv4 地址“0.0.0.0”,端口 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] 日志:侦听 IPv6 地址“::”,端口 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] 日志:监听 Unix 套接字“/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432”
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] 日志:数据库系统于 2021-03-11 08:31:31 UTC 关闭
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] LOG:数据库系统已准备好接受连接
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] 致命:用户“pgadmin”的密码验证失败
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] 详细信息:角色“pgadmin”不存在。
连接匹配 pg_hba.conf 第 99 行:“host all all all md5”
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] 致命:用户“pgadmin”的密码验证失败
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] 详细信息:角色“pgadmin”不存在。
连接匹配 pg_hba.conf 第 99 行:“host all all all md5”
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] 致命:用户“pgadmin”的密码验证失败
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] 详细信息:角色“pgadmin”不存在。
连接匹配 pg_hba.conf 第 99 行:“host all all all md5”
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] 致命:用户“pgadmin”的密码验证失败
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] 详细信息:角色“pgadmin”不存在。
连接匹配 pg_hba.conf 第 99 行:“host all all all md5”
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] 日志:启动数据包的长度无效
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] 日志:启动数据包的长度无效.......................... ......
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更新:我仍然有同样的问题。 我也更新了
setup.sh
和Dockerfile
但它仍然给了我相同的输出。