Mimic-code: Erro de imagem do Docker: LOG: comprimento inválido do pacote de inicialização

Criado em 4 fev. 2020  ·  23Comentários  ·  Fonte: MIT-LCP/mimic-code

Pré-requisitos

Descrição

Saudações,

Estou tendo um pequeno problema para configurar a imagem do docker. Eu segui o guia aqui: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker

Meu sistema:

System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
    Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS

Minha árvore de pastas atual em (D:):

.
|-- mimic_code
|   |-- benchmark
|   |-- buildmimic
|   |-- concepts
|   |-- notebooks
|   |-- tests
|   `-- tutorials
|-- mimic_data
|   `-- csv
`-- mimic_pgdata

A pasta em \mimic-data\csv contém os arquivos de dados MIMIC-III .csv.gz . A pasta mimic_pgdata está vazia no momento da execução do contêiner. Está vazio mesmo depois de executar o contêiner. Presumo que isso seja porque não executo nenhum comando após a criação do contêiner.

O comando que usei (usando o terminal Git Bash):

docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic

Meu resultado do Docker Dashboard:

PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG:  starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG:  listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG:  database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG:  database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG:  invalid length of startup packet

A saída de docker images :

REPOSITORY                           TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
postgres/mimic                       latest              10d900d346ac        19 minutes ago      440MB
postgres                             latest              cf879a45faaa        2 days ago          394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver            v1.15.5             e534b1952a0d        3 months ago        207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager   v1.15.5             1399a72fa1a9        3 months ago        159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy                v1.15.5             cbd7f21fec99        3 months ago        82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler            v1.15.5             fab2dded59dd        3 months ago        81.1MB
golang                               1.11-alpine         e116d2efa2ab        5 months ago        312MB
docker/kube-compose-controller       v0.4.23             a8c3d87a58e7        8 months ago        35.3MB
docker/kube-compose-api-server       v0.4.23             f3591b2cb223        8 months ago        49.9MB
alpine                               3.5                 f80194ae2e0c        12 months ago       4MB
k8s.gcr.io/coredns                   1.3.1               eb516548c180        12 months ago       40.3MB
k8s.gcr.io/etcd                      3.3.10              2c4adeb21b4f        14 months ago       258MB
k8s.gcr.io/pause                     3.1                 da86e6ba6ca1        2 years ago         742kB

Eu tentei:

  1. excluindo a imagem e recriando-a novamente, mas sem sucesso.
  2. diferentes números de porta HOST, mas ainda recebo a mesma saída.
  3. usando uma única barra para endereços na execução do contêiner, mas falhou apesar de usar o terminal Git Bash.

Comentários muito úteis

ATUALIZAÇÃO : Continuo com o mesmo problema. Atualizei o setup.sh e o Dockerfile , mas ainda me dá a mesma saída.

Todos 23 comentários

Honestamente, não estou familiarizado com o Docker - mas talvez @xiaosongz ou @haobibo possam comentar, já que ambos trabalharam recentemente com a compilação.

Oi @khalid-hussain , @xiaosongz encontrou um bug no arquivo de compilação da imagem do docker setup.sh .
E eu criei um PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 tentando consertar isso.

Você poderia seguir o setup.sh atualizado (ou cloná-lo diretamente de https://github.com/haobibo/mimic-code) para ver se o código atualizado funciona ou não.

Desculpe, fiquei preocupado com alguns outros problemas. Vou tentar amanhã. Obrigado pelas respostas rápidas.

ATUALIZAÇÃO : Continuo com o mesmo problema. Atualizei o setup.sh e o Dockerfile , mas ainda me dá a mesma saída.

Olá, também encontrei esse problema. Existe alguma solução agora?

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A mesma questão aqui.

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Alguém tem uma solução! Mesmo problema com nosso sistema.

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qualquer solução?

Deus por favor me ajude, eu estou preso aqui por horas

Alguém no laboratório pode dar uma olhada na correção da imagem do Docker em algum momento, mas temos recursos limitados e isso não é uma de nossas prioridades. Ficaríamos felizes em analisar uma solicitação de pull da comunidade.

Mesmo problema aqui

mesmo problema aqui

Estou enfrentando o mesmo problema?

-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: iniciando PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) em x86_64-pc-linux-gnu, compilado por gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64 bits
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: escutando no endereço IPv4 "0.0.0.0", porta 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: escutando no endereço IPv6 "::", porta 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] LOG: escutando no soquete Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
11/03/2021 08:31:31.914 UTC [66] LOG: o sistema de banco de dados foi desligado em 11/03/2021 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] LOG: o sistema de banco de dados está pronto para aceitar conexões
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: falha na autenticação de senha para o usuário "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] DETALHE: A função "pgadmin" não existe.
A conexão correspondeu à linha 99 do pg_hba.conf: "host all all all all md5"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: falha na autenticação de senha para o usuário "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] DETALHE: A função "pgadmin" não existe.
A conexão correspondeu à linha 99 do pg_hba.conf: "host all all all all md5"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: falha na autenticação de senha para o usuário "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] DETALHE: A função "pgadmin" não existe.
A conexão correspondeu à linha 99 do pg_hba.conf: "host all all all all md5"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: falha na autenticação de senha para o usuário "pgadmin"
11/03/2021 08:33:38.128 UTC [78] DETALHE: A função "pgadmin" não existe.
A conexão correspondeu à linha 99 do pg_hba.conf: "host all all all all md5"
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] LOG: comprimento inválido do pacote de inicialização
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] LOG: comprimento inválido do pacote de inicialização.................................. ..............

O mesmo problema

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