Saludos,
Tengo algunos problemas para configurar la imagen de la ventana acoplable. He seguido la guía aquí: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker
Mi sistema:
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
Mi árbol de carpetas actual en (D:):
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
La carpeta en \mimic-data\csv
contiene los archivos de datos MIMIC-III .csv.gz
. La carpeta mimic_pgdata
está vacía en el momento de ejecutar el contenedor. Está vacío incluso después de ejecutar el contenedor. Supongo que esto se debe a que no ejecuto ningún comando después de crear el contenedor.
El comando que usé (usando el terminal Git Bash):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
Mi resultado del Docker Dashboard:
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
La salida de docker images
:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
He intentado:
Honestamente, no estoy tan familiarizado con Docker, pero tal vez @xiaosongz o @haobibo podrían comentar, ya que ambos han estado trabajando recientemente con la compilación.
Hola @khalid-hussain, @xiaosongz ha encontrado un error en el archivo de compilación de la imagen de la ventana acoplable setup.sh
.
Y he creado un PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 tratando de arreglar eso.
¿Podría seguir el setup.sh
actualizado (o clonarlo directamente desde https://github.com/haobibo/mimic-code) para ver si el código actualizado funciona o no?
Lo siento, me preocupé con otros asuntos. Lo intentaré mañana. Gracias por las prontas respuestas.
ACTUALIZACIÓN : Sigo teniendo el mismo problema. Actualicé el setup.sh
y el Dockerfile
también pero todavía me da la misma salida.
Hola, yo también he encontrado este problema. ¿Hay alguna solución ahora?
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El mismo problema aquí.
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¿Alguien tiene una solución! Mismo problema con nuestro sistema.
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¿alguna solución?
Dios, por favor ayuda, he estado atrapado aquí durante horas.
Alguien en el laboratorio puede intentar arreglar la imagen de Docker en algún momento, pero tenemos recursos limitados y esta no es una de nuestras prioridades. Estaremos encantados de revisar una solicitud de extracción de la comunidad.
Mismo problema aquí
mismo problema aquí
Estoy enfrentando el mismo problema?
-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: iniciando PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) en x86_64-pc-linux-gnu, compilado por gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64 bits
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: escucha en la dirección IPv4 "0.0.0.0", puerto 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: escucha en la dirección IPv6 "::", puerto 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] REGISTRO: escuchando en el socket de Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] REGISTRO: el sistema de base de datos se cerró el 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] REGISTRO: el sistema de base de datos está listo para aceptar conexiones
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] REGISTRO: longitud no válida del paquete de inicio
2021-03-11 08: 33: 52.783 UTC [80] REGISTRO: longitud no válida del paquete de inicio ............... .............
Mismo problema
Comentario más útil
ACTUALIZACIÓN : Sigo teniendo el mismo problema. Actualicé el
setup.sh
y elDockerfile
también pero todavía me da la misma salida.