Mimic-code: Error de imagen de Docker: REGISTRO: longitud no válida del paquete de inicio

Creado en 4 feb. 2020  ·  23Comentarios  ·  Fuente: MIT-LCP/mimic-code

requisitos previos

Descripción

Saludos,

Tengo algunos problemas para configurar la imagen de la ventana acoplable. He seguido la guía aquí: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker

Mi sistema:

System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
    Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS

Mi árbol de carpetas actual en (D:):

.
|-- mimic_code
|   |-- benchmark
|   |-- buildmimic
|   |-- concepts
|   |-- notebooks
|   |-- tests
|   `-- tutorials
|-- mimic_data
|   `-- csv
`-- mimic_pgdata

La carpeta en \mimic-data\csv contiene los archivos de datos MIMIC-III .csv.gz . La carpeta mimic_pgdata está vacía en el momento de ejecutar el contenedor. Está vacío incluso después de ejecutar el contenedor. Supongo que esto se debe a que no ejecuto ningún comando después de crear el contenedor.

El comando que usé (usando el terminal Git Bash):

docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic

Mi resultado del Docker Dashboard:

PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG:  starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG:  listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG:  database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG:  database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG:  invalid length of startup packet

La salida de docker images :

REPOSITORY                           TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
postgres/mimic                       latest              10d900d346ac        19 minutes ago      440MB
postgres                             latest              cf879a45faaa        2 days ago          394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver            v1.15.5             e534b1952a0d        3 months ago        207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager   v1.15.5             1399a72fa1a9        3 months ago        159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy                v1.15.5             cbd7f21fec99        3 months ago        82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler            v1.15.5             fab2dded59dd        3 months ago        81.1MB
golang                               1.11-alpine         e116d2efa2ab        5 months ago        312MB
docker/kube-compose-controller       v0.4.23             a8c3d87a58e7        8 months ago        35.3MB
docker/kube-compose-api-server       v0.4.23             f3591b2cb223        8 months ago        49.9MB
alpine                               3.5                 f80194ae2e0c        12 months ago       4MB
k8s.gcr.io/coredns                   1.3.1               eb516548c180        12 months ago       40.3MB
k8s.gcr.io/etcd                      3.3.10              2c4adeb21b4f        14 months ago       258MB
k8s.gcr.io/pause                     3.1                 da86e6ba6ca1        2 years ago         742kB

He intentado:

  1. borrando la imagen y volviendo a crearla pero fue en vano.
  2. diferentes números de puerto HOST pero sigo obteniendo el mismo resultado.
  3. usando una sola barra para las direcciones al ejecutar el contenedor, pero falló a pesar de usar el terminal Git Bash.

Comentario más útil

ACTUALIZACIÓN : Sigo teniendo el mismo problema. Actualicé el setup.sh y el Dockerfile también pero todavía me da la misma salida.

Todos 23 comentarios

Honestamente, no estoy tan familiarizado con Docker, pero tal vez @xiaosongz o @haobibo podrían comentar, ya que ambos han estado trabajando recientemente con la compilación.

Hola @khalid-hussain, @xiaosongz ha encontrado un error en el archivo de compilación de la imagen de la ventana acoplable setup.sh .
Y he creado un PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 tratando de arreglar eso.

¿Podría seguir el setup.sh actualizado (o clonarlo directamente desde https://github.com/haobibo/mimic-code) para ver si el código actualizado funciona o no?

Lo siento, me preocupé con otros asuntos. Lo intentaré mañana. Gracias por las prontas respuestas.

ACTUALIZACIÓN : Sigo teniendo el mismo problema. Actualicé el setup.sh y el Dockerfile también pero todavía me da la misma salida.

Hola, yo también he encontrado este problema. ¿Hay alguna solución ahora?

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El mismo problema aquí.

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¿Alguien tiene una solución! Mismo problema con nuestro sistema.

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¿alguna solución?

Dios, por favor ayuda, he estado atrapado aquí durante horas.

Alguien en el laboratorio puede intentar arreglar la imagen de Docker en algún momento, pero tenemos recursos limitados y esta no es una de nuestras prioridades. Estaremos encantados de revisar una solicitud de extracción de la comunidad.

Mismo problema aquí

mismo problema aquí

Estoy enfrentando el mismo problema?

-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: iniciando PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) en x86_64-pc-linux-gnu, compilado por gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64 bits
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: escucha en la dirección IPv4 "0.0.0.0", puerto 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] REGISTRO: escucha en la dirección IPv6 "::", puerto 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] REGISTRO: escuchando en el socket de Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] REGISTRO: el sistema de base de datos se cerró el 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] REGISTRO: el sistema de base de datos está listo para aceptar conexiones
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: error de autenticación de contraseña para el usuario "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] DETALLE: El rol "pgadmin" no existe.
La conexión coincidió con pg_hba.conf línea 99: "host all all all md5"
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] REGISTRO: longitud no válida del paquete de inicio
2021-03-11 08: 33: 52.783 UTC [80] REGISTRO: longitud no válida del paquete de inicio ............... .............

Mismo problema

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