Mimic-code: Kesalahan gambar Docker: LOG: panjang paket startup tidak valid

Dibuat pada 4 Feb 2020 · 23Komentar · Sumber: MIT-LCP/mimic-code

Prasyarat

[X] Beri tanda X di antara tanda kurung pada baris ini jika Anda telah melakukan semua hal berikut:
- Memeriksa dokumentasi online: https://mimic.physionet.org/about/mimic/
- Memeriksa apakah masalah Anda belum ditangani: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues?utf8=%E2%9C%93&q=

Keterangan

Salam pembuka,

Saya mengalami sedikit masalah dalam menyiapkan gambar buruh pelabuhan. Saya telah mengikuti panduan di sini: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker

Sistem saya:

System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
    Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS

Pohon folder saya saat ini di (D :):

.
|-- mimic_code
|   |-- benchmark
|   |-- buildmimic
|   |-- concepts
|   |-- notebooks
|   |-- tests
|   `-- tutorials
|-- mimic_data
|   `-- csv
`-- mimic_pgdata

Folder di \mimic-data\csv berisi file data MIMIC-III .csv.gz . Folder mimic_pgdata kosong pada saat container dijalankan. Itu kosong bahkan setelah menjalankan wadah. Saya berasumsi ini karena saya tidak menjalankan perintah apa pun setelah wadah dibuat.

Perintah yang saya gunakan (menggunakan terminal Git Bash):

docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic

Hasil saya dari Dasbor Docker:

PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG:  starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG:  listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG:  database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG:  database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG:  invalid length of startup packet

Keluaran dari docker images :

REPOSITORY                           TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
postgres/mimic                       latest              10d900d346ac        19 minutes ago      440MB
postgres                             latest              cf879a45faaa        2 days ago          394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver            v1.15.5             e534b1952a0d        3 months ago        207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager   v1.15.5             1399a72fa1a9        3 months ago        159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy                v1.15.5             cbd7f21fec99        3 months ago        82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler            v1.15.5             fab2dded59dd        3 months ago        81.1MB
golang                               1.11-alpine         e116d2efa2ab        5 months ago        312MB
docker/kube-compose-controller       v0.4.23             a8c3d87a58e7        8 months ago        35.3MB
docker/kube-compose-api-server       v0.4.23             f3591b2cb223        8 months ago        49.9MB
alpine                               3.5                 f80194ae2e0c        12 months ago       4MB
k8s.gcr.io/coredns                   1.3.1               eb516548c180        12 months ago       40.3MB
k8s.gcr.io/etcd                      3.3.10              2c4adeb21b4f        14 months ago       258MB
k8s.gcr.io/pause                     3.1                 da86e6ba6ca1        2 years ago         742kB

Saya sudah mencoba:

menghapus gambar dan membuatnya kembali tetapi tidak berhasil.
nomor port HOST berbeda tetapi saya masih mendapatkan output yang sama.
menggunakan satu garis miring untuk alamat dalam menjalankan wadah, tetapi gagal meskipun menggunakan terminal Git Bash.

Sumber

khalid-hussain

Komentar yang paling membantu

UPDATE : Saya masih mengalami masalah yang sama. Saya memperbarui setup.sh dan Dockerfile juga tetapi masih memberi saya hasil yang sama.

khalid-hussain pada 26 Feb 2020

👍7 👀3

Semua 23 komentar

Sejujurnya tidak begitu akrab dengan Docker - tetapi mungkin @xiaosongz atau @haobibo dapat berkomentar karena mereka berdua baru-baru ini bekerja dengan build.

alistairewj pada 10 Feb 2020

Hai @khalid-hussain , @xiaosongz telah menemukan bug di file build gambar buruh pelabuhan setup.sh .
Dan saya telah membuat PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 mencoba memperbaikinya.

Bisakah Anda mengikuti setup.sh yang diperbarui (atau langsung mengkloningnya dari https://github.com/haobibo/mimic-code) untuk melihat apakah kode yang diperbarui berfungsi atau tidak.

haobibo pada 11 Feb 2020

Maaf, saya disibukkan dengan beberapa masalah lain. Saya akan mencobanya besok. Terima kasih atas balasan yang cepat.

khalid-hussain pada 12 Feb 2020

UPDATE : Saya masih mengalami masalah yang sama. Saya memperbarui setup.sh dan Dockerfile juga tetapi masih memberi saya hasil yang sama.

khalid-hussain pada 26 Feb 2020

👍7 👀3

Halo, saya juga menemukan masalah ini. Apakah ada solusi sekarang?

caiqing0204 pada 6 Agu 2020

👍1

gimpiron pada 9 Agu 2020

👍1

Masalah yang sama di sini.

Yuqi92 pada 3 Sep 2020

👍1

Jonas-360ty pada 26 Okt 2020

👍1

Apakah ada yang punya solusi! Masalah yang sama dengan sistem kami.

Jonas-360ty pada 26 Okt 2020

👍1

bipin-num pada 4 Nov 2020

👍1

teohrt pada 5 Nov 2020

alistairewj pada 5 Nov 2020

😄2 👍1

nateloker pada 19 Nov 2020

Zonalds pada 2 Des 2020

bringmetheaugust pada 7 Des 2020

👍1

SerbanG pada 30 Des 2020

ada solusi?

HamedJP pada 16 Jan 2021

Tuhan tolong, aku sudah terjebak di sini selama berjam-jam

PedroMontesinos pada 21 Jan 2021

Seseorang di lab mungkin akan mencoba memperbaiki image Docker di beberapa titik, tetapi kami memiliki sumber daya yang terbatas dan ini bukan salah satu prioritas kami. Kami akan dengan senang hati meninjau permintaan tarik dari komunitas.

tompollard pada 21 Jan 2021

Masalah yang sama di sini

samuel-matthews pada 9 Feb 2021

masalah yang sama di sini

AhHa45 pada 19 Feb 2021

Saya menghadapi masalah yang sama?

-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: memulai PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) pada x86_64-pc-linux-gnu, dikompilasi oleh gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64-bit
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: mendengarkan pada alamat IPv4 "0.0.0.0", port 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: mendengarkan pada alamat IPv6 "::", port 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] LOG: mendengarkan di soket Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] LOG: sistem database dimatikan pada 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] LOG: sistem database siap menerima koneksi
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: otentikasi kata sandi gagal untuk pengguna "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] DETAIL: Peran "pgadmin" tidak ada.
Sambungan cocok pg_hba.conf baris 99: "host semua semua semua md5"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: otentikasi kata sandi gagal untuk pengguna "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] DETAIL: Peran "pgadmin" tidak ada.
Sambungan cocok pg_hba.conf baris 99: "host semua semua semua md5"
2021-03-11 08:32:06,826 UTC [75] FATAL: otentikasi kata sandi gagal untuk pengguna "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06,826 UTC [75] DETAIL: Peran "pgadmin" tidak ada.
Sambungan cocok pg_hba.conf baris 99: "host semua semua semua md5"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: otentikasi kata sandi gagal untuk pengguna "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] DETAIL: Peran "pgadmin" tidak ada.
Sambungan cocok pg_hba.conf baris 99: "host semua semua semua md5"
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] LOG: panjang paket startup tidak valid
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] LOG: panjang paket startup tidak valid............................. .............