Les salutations,
J'ai un peu de mal à configurer l'image docker. J'ai suivi le guide ici : https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker
Mon système :
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
Mon arborescence de dossiers actuelle à (D :) :
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
Le dossier \mimic-data\csv
contient les fichiers de données MIMIC-III .csv.gz
. Le dossier mimic_pgdata
est vide au moment de l'exécution du conteneur. Il est vide même après avoir exécuté le conteneur. Je suppose que c'est parce que je n'exécute aucune commande après la création du conteneur.
La commande que j'ai utilisée (en utilisant le terminal Git Bash):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
Mon résultat du tableau de bord Docker :
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
La sortie de docker images
:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
J'ai essayé:
Honnêtement, pas si familier avec Docker - mais peut-être que @xiaosongz ou @haobibo pourraient commenter puisqu'ils ont tous deux récemment travaillé avec la construction.
Salut @khalid-hussain, @xiaosongz a trouvé un bogue dans le fichier de construction d'image docker setup.sh
.
Et j'ai créé un PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 essayant de résoudre ce problème.
Pourriez-vous s'il vous plaît suivre le setup.sh
mis à jour (ou le cloner directement à partir de https://github.com/haobibo/mimic-code) pour voir si le code mis à jour fonctionne ou non.
Je suis désolé, j'ai été préoccupé par d'autres problèmes. Je vais essayer demain. Merci pour les réponses rapides.
MISE À JOUR : J'ai toujours le même problème. J'ai également mis à jour le setup.sh
et le Dockerfile
mais cela me donne toujours la même sortie.
Bonjour, j'ai aussi trouvé ce problème. Y a-t-il une solution maintenant?
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Le même problème ici.
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Quelqu'un a-t-il une solution ! Même problème avec notre système.
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Toute solution?
Dieu aide s'il te plait, j'ai été coincé ici pendant des heures
Quelqu'un dans le laboratoire peut envisager de réparer l'image Docker à un moment donné, mais nous avons des ressources limitées et ce n'est pas l'une de nos priorités. Nous serions heureux d'examiner une pull request de la communauté.
Même problème ici
même problème ici
Je suis confronté au même problème ?
-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG : démarrage de PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) sur x86_64-pc-linux-gnu, compilé par gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64 bits
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG : écoute sur l'adresse IPv4 "0.0.0.0", port 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG : écoute sur adresse IPv6 " :: ", port 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] LOG : écoute sur le socket Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] LOG : le système de base de données a été arrêté le 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] LOG : le système de base de données est prêt à accepter les connexions
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL : échec de l'authentification par mot de passe pour l'utilisateur "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] DÉTAIL : le rôle "pgadmin" n'existe pas.
La connexion correspond à la ligne 99 de pg_hba.conf : "host all all all all md5"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL : échec de l'authentification du mot de passe pour l'utilisateur "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] DÉTAIL : le rôle "pgadmin" n'existe pas.
La connexion correspond à la ligne 99 de pg_hba.conf : "host all all all all md5"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL : échec de l'authentification par mot de passe pour l'utilisateur "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] DÉTAIL : le rôle "pgadmin" n'existe pas.
La connexion correspond à la ligne 99 de pg_hba.conf : "host all all all all md5"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL : échec de l'authentification par mot de passe pour l'utilisateur "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] DÉTAIL : le rôle "pgadmin" n'existe pas.
La connexion correspond à la ligne 99 de pg_hba.conf : "host all all all all md5"
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] LOG : longueur non valide du paquet de démarrage
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] LOG : longueur invalide du paquet de démarrage................................. .............
Même problème
Commentaire le plus utile
MISE À JOUR : J'ai toujours le même problème. J'ai également mis à jour le
setup.sh
et leDockerfile
mais cela me donne toujours la même sortie.