Mimic-code: Ошибка образа Docker: LOG: неверная длина стартового пакета

Созданный на 4 февр. 2020  ·  23Комментарии  ·  Источник: MIT-LCP/mimic-code

Предпосылки

Описание

Привет,

У меня возникли небольшие проблемы с настройкой образа докера. Я следовал руководству здесь: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker .

Моя система:

System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
    Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS

Мое текущее дерево папок в (D:):

.
|-- mimic_code
|   |-- benchmark
|   |-- buildmimic
|   |-- concepts
|   |-- notebooks
|   |-- tests
|   `-- tutorials
|-- mimic_data
|   `-- csv
`-- mimic_pgdata

Папка по адресу \mimic-data\csv содержит файлы данных MIMIC-III .csv.gz . Папка mimic_pgdata пуста на момент запуска контейнера. Он пуст даже после запуска контейнера. Я предполагаю, что это связано с тем, что я не выполняю никаких команд после создания контейнера.

Команда, которую я использовал (используя терминал Git Bash):

docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic

Мой результат с панели инструментов Docker:

PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG:  starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG:  listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG:  database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG:  database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG:  invalid length of startup packet

Вывод docker images :

REPOSITORY                           TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
postgres/mimic                       latest              10d900d346ac        19 minutes ago      440MB
postgres                             latest              cf879a45faaa        2 days ago          394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver            v1.15.5             e534b1952a0d        3 months ago        207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager   v1.15.5             1399a72fa1a9        3 months ago        159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy                v1.15.5             cbd7f21fec99        3 months ago        82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler            v1.15.5             fab2dded59dd        3 months ago        81.1MB
golang                               1.11-alpine         e116d2efa2ab        5 months ago        312MB
docker/kube-compose-controller       v0.4.23             a8c3d87a58e7        8 months ago        35.3MB
docker/kube-compose-api-server       v0.4.23             f3591b2cb223        8 months ago        49.9MB
alpine                               3.5                 f80194ae2e0c        12 months ago       4MB
k8s.gcr.io/coredns                   1.3.1               eb516548c180        12 months ago       40.3MB
k8s.gcr.io/etcd                      3.3.10              2c4adeb21b4f        14 months ago       258MB
k8s.gcr.io/pause                     3.1                 da86e6ba6ca1        2 years ago         742kB

Я пробовал:

  1. удаление изображения и воссоздание его снова, но безрезультатно.
  2. разные номера портов HOST, но я все равно получаю тот же результат.
  3. используя одну косую черту для адресов при запуске контейнера, но это не удалось, несмотря на использование терминала Git Bash.

Самый полезный комментарий

ОБНОВЛЕНИЕ : у меня все еще та же проблема. Я также обновил setup.sh и Dockerfile , но результат все тот же.

Все 23 Комментарий

Честно говоря, не очень хорошо знаком с Docker, но, возможно , @xiaosongz или @haobibo могли бы прокомментировать, так как они оба недавно работали над сборкой.

Привет, @khalid-hussain, @xiaosongz обнаружил ошибку в файле сборки образа докера setup.sh .
И я создал PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 , пытаясь это исправить.

Не могли бы вы следить за обновленным setup.sh (или напрямую клонировать его с https://github.com/haobibo/mimic-code), чтобы увидеть, работает ли обновленный код.

Извините, я был занят другими вопросами. Я попробую завтра. Спасибо за оперативные ответы.

ОБНОВЛЕНИЕ : у меня все еще та же проблема. Я также обновил setup.sh и Dockerfile , но результат все тот же.

Здравствуйте, я тоже нашел эту проблему. Есть ли решение сейчас?

+1

Та же проблема здесь.

+1

У кого-нибудь есть решение! Та же проблема с нашей системой.

+1

+1

+1

+1

+1

+1

+1

любое решение?

Боже, помоги, я застрял здесь на несколько часов.

Кто-то в лаборатории может в какой-то момент взглянуть на исправление образа Docker, но у нас ограниченные ресурсы, и это не входит в число наших приоритетов. Мы будем рады рассмотреть запрос на включение от сообщества.

Та же проблема здесь

такая же проблема здесь

Я столкнулся с той же проблемой?

-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: запуск PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) на x86_64-pc-linux-gnu, скомпилированный gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64-бит
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание IPv4-адреса «0.0.0.0», порт 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание IPv6-адреса "::", порт 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание сокета Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] ЖУРНАЛ: система базы данных была отключена 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] ЖУРНАЛ: система базы данных готова принимать подключения
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] ПОДРОБНОСТИ: роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] ЖУРНАЛ: неверная длина стартового пакета
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] ЖУРНАЛ: неверная длина стартового пакета............................ .............

Та же проблема

Была ли эта страница полезной?
0 / 5 - 0 рейтинги