Привет,
У меня возникли небольшие проблемы с настройкой образа докера. Я следовал руководству здесь: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker .
Моя система:
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
Мое текущее дерево папок в (D:):
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
Папка по адресу \mimic-data\csv
содержит файлы данных MIMIC-III .csv.gz
. Папка mimic_pgdata
пуста на момент запуска контейнера. Он пуст даже после запуска контейнера. Я предполагаю, что это связано с тем, что я не выполняю никаких команд после создания контейнера.
Команда, которую я использовал (используя терминал Git Bash):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
Мой результат с панели инструментов Docker:
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
Вывод docker images
:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
Я пробовал:
Честно говоря, не очень хорошо знаком с Docker, но, возможно , @xiaosongz или @haobibo могли бы прокомментировать, так как они оба недавно работали над сборкой.
Привет, @khalid-hussain, @xiaosongz обнаружил ошибку в файле сборки образа докера setup.sh
.
И я создал PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 , пытаясь это исправить.
Не могли бы вы следить за обновленным setup.sh
(или напрямую клонировать его с https://github.com/haobibo/mimic-code), чтобы увидеть, работает ли обновленный код.
Извините, я был занят другими вопросами. Я попробую завтра. Спасибо за оперативные ответы.
ОБНОВЛЕНИЕ : у меня все еще та же проблема. Я также обновил setup.sh
и Dockerfile
, но результат все тот же.
Здравствуйте, я тоже нашел эту проблему. Есть ли решение сейчас?
+1
Та же проблема здесь.
+1
У кого-нибудь есть решение! Та же проблема с нашей системой.
+1
+1
+1
+1
+1
+1
+1
любое решение?
Боже, помоги, я застрял здесь на несколько часов.
Кто-то в лаборатории может в какой-то момент взглянуть на исправление образа Docker, но у нас ограниченные ресурсы, и это не входит в число наших приоритетов. Мы будем рады рассмотреть запрос на включение от сообщества.
Та же проблема здесь
такая же проблема здесь
Я столкнулся с той же проблемой?
-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: запуск PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) на x86_64-pc-linux-gnu, скомпилированный gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64-бит
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание IPv4-адреса «0.0.0.0», порт 5432
2021-03-11 08:31:31.885 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание IPv6-адреса "::", порт 5432
2021-03-11 08:31:31.899 UTC [1] ЖУРНАЛ: прослушивание сокета Unix "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 UTC [66] ЖУРНАЛ: система базы данных была отключена 2021-03-11 08:31:31 UTC
2021-03-11 08:31:31.924 UTC [1] ЖУРНАЛ: система базы данных готова принимать подключения
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:31:51.485 UTC [73] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:32:00.969 UTC [74] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:32:06.826 UTC [75] ПОДРОБНОСТИ: роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: ошибка аутентификации пароля для пользователя "pgadmin"
2021-03-11 08:33:38.128 UTC [78] ПОДРОБНОСТИ: Роль «pgadmin» не существует.
Соединение соответствует строке 99 pg_hba.conf: «host all all all md5»
2021-03-11 08:33:52.780 UTC [79] ЖУРНАЛ: неверная длина стартового пакета
2021-03-11 08:33:52.783 UTC [80] ЖУРНАЛ: неверная длина стартового пакета............................ .............
Та же проблема
Самый полезный комментарий
ОБНОВЛЕНИЕ : у меня все еще та же проблема. Я также обновил
setup.sh
иDockerfile
, но результат все тот же.